今年1月1日起在上海啟動的營業稅改征增值稅試點收效似乎并不樂觀。物流行業人士判斷，相比增值稅擴圍改革以前，物流業稅負幾乎增加一倍。 
　　中國物流與采購聯合會3月21日發布的調查報告顯示，試點2個月以來，物流企業特別是運輸型物流企業普遍反映稅負大幅增加。
　　調查報告統計顯示，2012年1月份，67%的試點企業實際繳納增值稅有一定程度的增加，平均增加稅負5萬元。換算成營業稅體制，57%的企業稅負增加超過5萬元，24%的企業稅負增加超過10萬元，個別大型物流企業集團稅負增加超過100萬元。
　　對此，中國物流與采購聯合會副會長賀登才3月21日表示，“如果能采用最低檔的稅率，這就很好了。”
　　根據試點方案，上海交通運輸業采用11%的增值稅稅率，代替了過去營業稅3%的稅率；而倉儲、配送和貨運代理則采用6%的增值稅稅率，代替過去營業稅5%的稅率。
　　運輸型物流企業認為，由于企業實際可抵扣項目較少，11%的增值稅稅率導致交通運輸業的稅負不減反增；相對而言，實行6%增值稅稅率的倉儲、配送和貨運代理行業在改革后稅負相對穩定。
　　今年全國兩會期間，上海市委書記俞正聲就曾公開表示，改革試點后，運輸業和金融租賃業兩個行業的稅賦是加重的，要在相關行業探索加大進項抵扣范圍等創新辦法，“比如運輸企業，汽油能不能開增值稅發票，作為增值稅抵扣的內容；運輸企業的過路費，能不能進入進項抵扣的范圍，這需要企業和政府共同研究”。
　　中國物流與采購聯合會建議，將“貨物運輸服務”從“交通運輸服務”中剝離，納入“物流輔助服務”，采用6%的增值稅稅率。
　　另一個建議是，增加增值稅進項稅抵扣項目。比如過路過橋費、保險費，以及房屋租金等。對存量資產(非不動產)采取過渡性抵扣政策，允許物流企業現有的運輸工具及設備依據一定比例納入進項稅額抵扣。
　　目前，只允許對企業上一年購買的設備等進行抵扣，此前幾年的則不行。
　　物流行業人士指出，上述兩個建議，都可以使得物流運輸業的稅負回到稅改前水平。其中，使用較低檔稅率要簡單些。而后一項增加進項稅抵扣項目，操作起來難度稍大。
　　中國物流與采購聯合會建議，營業稅改增值稅的改革進一步推廣時，最好按行業推開，而不是按地區推進，以避免引發地區間的不平衡。
　　據悉，目前繼上海后，江蘇、浙江、安徽等地已經提出了類似上海的物流業稅改方案。中國物流與采購聯合會認為，像物流業這樣全國網絡化經營的行業，不宜因試點政策的不同，造成新的地區分割。