上海物流企業在納入營業稅改增值稅試點兩月后發現，因貨物運輸服務是其最基本的服務，實際可抵扣項目較少，導致試點后企業實際稅負大幅增加。　　今年1月1日起，上海在交通運輸和部分現代服務行業先行試點營業稅改征增值稅。根據試點方案，交通運輸行業采取11%的適用稅率，倉儲、貨代等作為物流輔助服務，適用6%的稅率。
　　中國物流與采購聯合會(下稱中物聯)在調研后近日發表報告稱，裝卸搬運服務和貨物運輸服務從3%的營業稅稅率調整為11%的增值稅稅率，上調幅度較大。特別是貨物運輸服務是物流企業最基本的服務，且實際可抵扣項目較少，導致試點后企業實際稅負大幅增加。
　　造成這一狀況的主要原因在于，貨物運輸業務增值稅稅率偏高，可抵扣進項稅額偏少。改征增值稅后，交通運輸企業可抵扣的項目主要為購置運輸工具和燃油、修理費所含的進項稅。由于運輸工具購置成本高、使用年限長(尤其是船舶，使用年限可達20年以上)，多數相對成熟的大中型企業，未來幾年或更長時間不可能有大額資產購置，因此實際可抵扣的固定資產所含進項稅很少。
　　此外，人力成本、路橋費、房屋租金、保險費等主要成本均不在抵扣范圍，也是稅負增加的重要原因。
　　中物聯副會長賀登才對財新記者表示，調研測算交通運輸行業的稅負平均上升了1倍左右。但他也表示，由于試點才剛剛開始，因此問題可能還未全面反映。目前報告已經遞給發改委和財政部等相關部門。
　　財新記者了解到，上海一家較成熟的第三方物流公司稅改后稅負增加20余萬元，因為公司已經完成階段性的設備采購，實際可抵扣的項目不多，稅率則大幅上升。
　　上海豐潤物流有限公司的相關人士對財新記者表示，公司能抵扣的主要就是加油的票和養車費用，2012年1月交稅4萬元，稅負上升了4個百分點，自己這種經營規模較小的物流公司，稅負上升很難承受，只得通過跟客戶提價來維持平衡。
　　中物聯的調研報告也顯示，上海德邦物流有限公司1月份實際稅負比營業稅稅負上升約3.4個百分點，增幅高出1倍還多;上海佳吉快運有限公司1-2月由營業稅實際負擔率1.63%，上升到增值稅實際負擔率4.71%，上升189%;上海中遠物流公司1月份實際負擔率增加215%。
　　對此，賀登才建議，貨物運輸服務也應該納入物流輔助服務行業，采用6%的稅率。同時，適當增加增值稅進項抵扣項目，將過路過橋費、保險費、房屋租金等納入進項抵扣范圍。對存量資產(非不動產)采取過渡性抵扣政策。
　　此外，調研報告還表示，物流企業中從事倉儲、貨代等物流輔助服務的稅收負擔基本持平或增加不多，多數企業可通過內部降低成本提高效率等措施自行消化。
　　試點政策使原有增值稅納稅人可以抵扣的進項稅額增多，稅負有所下降。試點納稅人中的物流企業小規模納稅人由原來的3%或5%的含稅稅率，調整為3%的不含稅稅率，有利于促進中小物流企業發展。