“十二五”時期，重慶將針對影響水運發展的短板問題，在發展方式上努力實現兩個轉變：一是實現傳統運輸業向現代綜合物流服務業轉變；二是實現由數量增長型發展模式向質量效益型模式的轉變。在發展方向上突出三個重點:一是注重基礎設施和運輸工具的結構調整；二是注重服務體系和港航企業的提檔升級；三是注重航運安全和運輸能力的增強。在保障措施上：加大水運發展專項資金的投入，全市計劃投資200億元加快推進航運中心建設；實行土地、稅收等優惠政策，為內河水運發展提供政策支撐。  　　“十二五”發展目標是：到2015年，重慶高等級航道里程達到1636公里，港口貨物通過能力達到1.8億噸、集裝箱達到500萬標箱，5000噸級船舶成為主力船型，航運服務體系功能基本完善，周邊地區經重慶港中轉貨物達到50%以上，基本建成長江上游航運中心。 
　　重點工作在于： 
　　調整優化基礎設施結構。采取整治、渠化等措施，使長江、嘉陵江、烏江達到三級（含三級）以上航道標準，支流對長江干流貨運量貢獻率達到30%以上。按照“港口、物流和產業”三結合原則，加快建設主城果園、萬州新田等9個樞紐型港口。 
　　提檔升級運輸船舶。到2015年，全市船型標準化率達到75%，傳統內河水上客運向現代化高品質旅游客運轉型，形成長江中上游規模最大的現代化船隊。 
　　完善服務體系功能。以重慶航運交易所為依托，推進內河航運與保稅港區、保稅區、物流園區和臨港工業園區的有效對接和聯動發展，健全長江上游航運中心服務體系。吸引國內外大型航運企業、金融機構的區域總部注冊重慶，發展航運總部經濟。 
　　提升應急保障能力。完善三峽庫區重要支流航道支持保障系統，在重點港口、旅游客運發達地區建設水上服務區。推進巡航、監管、搜救一體化，建設區域性水上應急救援基地、船舶洗艙基地、船舶自動識別等監控系統。 
　　鞏固拓展輻射范圍。依托重慶高速公路網、鐵路網和航空樞紐港，優化綜合集疏運體系，實現樞紐型港口物流園區鐵路進港，完善多式聯運、江海聯運、干支直達、水水中轉的運輸服務網絡，形成直達和中轉互補協調發展的格局。