南京經濟技術開發區（原名南京新港工業區）成立于1992年9月18日，1993年11月經江蘇省政府批準為省級開發區。2002年3月15日經國務院批準為國家級經濟技術開發區。2003年3月10日，國務院批準在該開發區內設立國家級南京出口加工區。2003年7月1日，開發區管委會順利通過ISO14001環境管理體系認證。
南京經濟技術開發區位于南京市東北郊，擁有82公里長江黃金岸線，緊鄰長江二橋、新生圩外貿港和龍潭深水港，發展空間100平方公里，轄新港片區和開發區東區。
新港片區于1992年起步發展，現已形成電子信息、生物醫藥、輕工機械和新材料等四大特色產業，建成為工業布局合理、產業特色凸顯、創新能力突出的現代化高科技產業園區，現已有20多個國家和地區的400多家外資企業進區，投資總額90億美元。
2009年，南京經濟技術開發區整體托管棲霞經濟開發區、龍潭物流園、三江口工業園和仙林高科技產業園4個省市級園區，組建為開發區東區，依托龍潭深水港這一長江流域江海聯運的重要樞紐地位，以及仙林新市區城市功能、科教資源優勢，重點發展光電顯示、醫藥食品、裝備制造、科技服務和現代物流五大主導產業。