“十二五”開局之際，國務院正式頒布了《關于加快長江等內河水運發展的意見》，標志著內河水運發展上升為國家戰略。 　　3月1日，交通運輸部出臺了《關于貫徹落實＜國務院關于長江等內河水運發展的意見＞的實施意見》（《實施意見》）。
　　《實施意見》進一步明確在基礎設施建設、運輸船舶、平安水運和綠色水運方面的具體發展目標。
　　根據《實施意見》，到2015年末，內河航運要建成1.3萬公里高等級航道，力爭基本實現《長江干線航道總體規劃綱要》的發展目標，西江航運干線、京杭運河和珠江三角洲高等級航道網全面或基本達到規劃標準，長江三角洲高等級航道網60%達到規劃標準，力爭開通南京以下12.5米深水航道。
　　港口方面。以內河主要港口為重點，加快規模化、專業化港區建設，建成一批集裝箱、汽車滾裝、大宗散貨等專業化泊位。
　　運輸船舶方面。內河船型標準化率達到50%以上。其中，長江干線、西江航運干線和京杭運河船型標準化率達到70%；內河船舶平均噸位達到800載重噸，接近發達國家水平。
　　平安水運方面。加快建設長江干線全方位覆蓋、全天候監控、具有快速反應能力的水上安全監管和應急搜救體系，在長江、珠江和黑龍江水系以及京杭運河的重要航段，監管搜救力量應急反應能力明顯提升。
　　綠色水運方面。加快建設“兩型”港口，安全高效、節能環保型的船舶大量投入使用，船舶流動源污染得到有效控制。
　　《實施意見》將內河水運發展六項主要任務細化為八項重點工作，力求突出重點，促進內河水運又好又快發展。
　　 3月22日，交通運輸部水運局局長宋德星在接受交通運輸部網站在線訪談時，就《實施意見》中的八項重點工作作出具體闡述。
　　加快長江干線航道系統治理。重點實施中游荊江河段（宜昌至城陵磯段）航道治理、下游12.5米深水航道上延至南京兩大工程，全面帶動長江干線航道發展邁上新臺階。
　　加快其他高等級航道建設。加快實施西江航運干線擴能工程，建設貴港、桂平二線和長洲三線、四線船閘。實施京杭運河蘇南段和浙江段三級航道建設工程，加快蘇申外港線、長湖申線等長江三角洲高等級航道網建設，積極推進嘉陵江、漢江、贛江、淮河、松花江等高等級航道和界河航道建設。
　　加快內河主要港口和部分重要港區建設。加快老舊碼頭的加固改造和港區功能調整。實現高等級公路或高速公路與內河主要集裝箱港區的聯接。推進主要港口向貨物中轉基地、大宗貨物交易中心發展，逐步建成綜合貨運樞紐。
　　加快推進內河運輸船舶船型標準化。制定出臺全國內河船型標準化實施方案，盡快落實長江沿線地方政府船型標準化配套資金。積極開發和推廣應用標準船型，發展高效、安全、綠色船舶。落實《促進老舊運輸船舶和單殼油輪報廢更新實施方案》和專項補助資金管理辦法，加快淘汰老舊船舶和單殼油船。
　　著力提升航道及設施養護與管理水平。制定實施《全國航道管理與養護發展綱要（2011－2020年）》。開展內河航道定級或重新評定工作，加強設施、設備建設和更新改造，健全技術標準和規章制度，強化內河航道行政執法。
　　著力優化內河水運結構。大力發展現代航運服務業；繼續推進內河航運的公司化經營；完善江海直達、干支直達、江海轉運運輸服務網絡；大力發展多式聯運，積極推進集裝箱、大宗貨物的水鐵聯運；鼓勵港航企業延伸產業鏈。
　　著力提高內河水運安全保障和應急處置能力。加強內河水運安全監管、應急處置及治安防控能力建設，以長江干線為重點建設監控有力、反應快速的水上安全監管和應急搜救體系，制定內河防污染、水上搜救和航道保暢應急預案，不斷完善應急預案體系。
　　著力構建綠色內河水運體系。將節約資源和保護環境的理念貫穿于內河水運的規劃、設計、施工、養護和運營全過程。積極發展節能環保型運輸工具和裝卸設施。加強船舶流動污染源控制。在長江干線、西江航運干線等重點地區建設船舶溢油和危險品應急基地。
　　《實施意見》指出，內河航運的發展要以結構調整為主攻方向，促進內河水運全面、協調、可持續發展。
　　宋德星表示，加快內河水運發展已成為“十二五”期綜合運輸體系建設的戰略重點，其本身就是從戰略結構上促進綜合運輸體系完善的重要舉措，也是轉變發展方式的重要內容。
　　一是統籌規劃，加強規劃間協調和銜接。編制好“十二五”內河水運發展規劃、長江干線航道建設規劃和各主要水系發展規劃，配合做好“兩橫一縱兩網”高等級航道建設規劃審批工作，配合其他部委完成各大流域綜合規劃修訂工作。
　　二是完善港口集疏運體系，實現與其他運輸方式無縫銜接。加強主要港口的鐵路、公路集疏運通道建設，實現高等級公路或高速公路與內河主要集裝箱港區的聯接，主要港口要逐步建成綜合運輸樞紐，并加強與其他綜合樞紐之間的銜接；加強與鐵路部門的協作，從政策法規、運輸單證、作業流程、標準規范等方面加強協調，促進集裝箱、大宗貨物的水鐵聯運，積極發展多式聯運；延伸港口服務腹地范圍，拓展港口服務功能，促進沿江產業帶的形成和發展，使長江水運成為流域綜合運輸體系的骨干。
　　三是加快結構調整，提升內河水運發展質量和效益。以內河運輸船舶船型標準化為重點，優化運力結構；鼓勵內河個體聯戶實行公司化經營，積極推進內河旅客、危險品運輸的集約化、專業化、規模化經營；優化運輸組織，積極發展集裝箱運輸、干支直達和江海聯運，實現航道、港口、船舶和支持保障系統的協調發展。
　　四是完善溝通協調機制，提升水資源綜合利用水平。水資源綜合利用是一項系統工程，涉及到多個部門。交通運輸主管部門、港航管理部門要主動作為，加強與其他涉水部門的協調，完善工作機制，做到防洪、航運和發電的統籌兼顧和共同發展。內河水運發展要有利于水利和防洪，同時也要求新建水利水電樞紐和橋梁等基礎設施時，要充分考慮內河水運發展的要求，防止出現新的礙航、斷航情況，同時對有復航價值的樞紐、航道，逐步進行復航建設或改造。加強“航電結合、以電養航、滾動發展”的航電樞紐建設，積極推進重要支流的全線渠化。
　　為順利實現《實施意見》的各項具體發展目標，交通運輸部采取多項切實可行的措施加快推進內河水運發展建設。
　　在3月23日舉行的“交通運輸部2011年度第二次例行新聞發布會”上，新聞發言人何建中表示，交通運輸部將緊緊抓住“十二五”重要機遇戰略期，加快推進內河水運發展建設。將按照國家總體要求，制定內河水運發展“十二五”專項規劃。
　　第一，到2015年，力爭全國內河高等級航道達標里程比“十一五”末增加3000公里；港口吞吐能力增加13億噸，這也對應了港區的規范化、規模化、現代化、專業化的要求；船舶平均噸位提高67%，達到平均噸位800噸左右；單位運輸成本較2010年降低10%。
　　第二，加大投資力度。預計在“十二五”期間全國內河水運建設達到2000億元，是“十一五”期的兩倍。其中，中央投資占450億元，是“十一五”期的2.7倍。
　　第三，進一步加強航運管理。包括船舶運輸的規范、市場監管以及加快《航道法》立法進程。
　　第四，推動科技進步創新。一是產業標準化推進；二是節能減排技術的應用和推廣；三是淘汰老舊船舶；四是建立數字航道，特別是公共信息的服務平臺。
　　第五，完善協調機制。目前在長江沿線，已經有比較完善的關于黃金水道建設的部省際間的協調和協商機制，“十二五”期將進一步完善和推進。