自2007年1月秦嶺終南山特長公路隧道建成通車以來，陜西省交通建設集團堅持“科學管理、勇于創新、規范精細、高效有序”和“高度負責、嚴防緊守、快速反應、果斷處置”的管理理念，安全大賬“天天算”， 責任職守“寸寸心”，積極探索特長隧道運營安全管理的新辦法、新經驗，逐漸形成了一套行之有效的運營安全管理模式。截至目前，這座特長公路隧道已安全運營逾1200天，取得了顯著的經濟社會效益。
 秦嶺終南山特長公路隧道是包茂國家高速公路的控制性工程。單洞長18.02公里，雙洞總長36.04公里，建設規模世界第一。為了高質量、高標準建成這座世界級工程，在交通運輸部支持下，陜西省交通運輸廳設立“秦嶺終南山特長公路隧道關鍵技術研究”項目，開展了特長隧道通風、防災救援、監控、定額、環保、運營管理、信息等七個方面的課題研究。其中，運營通風技術、防災救援技術、監控技術已有多項成果通過專家鑒定，達到了世界領先水平。
 安全暢通是特長公路隧道運營管理工作的重中之重。秦嶺終南山特長公路隧道通車后，陜西省交通運輸廳先后多次召開專題會議，就運營管理工作提出具體要求。陜西省交通建設集團積極落實上級部署，通過管理創新、技術創新，不斷提高運營管理水平。針對隧道內行車安全隱患相對較多的實際，隧道分公司分別制定了火災、交通事故、交通擁堵、危險品泄漏、大霧、雨雪天氣、后續工程建設安全事故等隧道內突發事故應急預案，并以此為藍本不斷進行隧道事故應急預案實地操作演練，以發現、改進應急預案中存在的不足。預案得到陜西省政府、省應急辦的充分肯定，并作為陜西省典型安全預案上報國務院備案。
 在此基礎上，隧道分公司堅持每月進行一次應急救援緊急集合，每季度進行一次實戰演練，每次結束后均組織各部門負責人集中觀看監控中心的演練錄像，查漏洞、找問題，總結經驗教訓，提出整改措施，完善應急救援預案，進一步提高整體管理能力，確保隧道安全運營。據統計，涉及消防、醫護、路政、安檢、監控中心、武警、交警、養護等相關部門的實戰演練已進行了50多次，極大提高了各部門在緊急救援時的協調配合能力。
 監控中心是秦嶺終南山特長公路隧道運營管理的中樞神經，為了保證隧道所有機電設備正常運行，隧道分公司要求定期對所有攝像設備及燈具進行擦洗，確保監控無盲區、無死角，隧道內空氣質量及照明條件保持良好。同時，利用網絡開通了“電話精靈”，與一線大隊及氣象部門密切聯系，一旦有大霧、雨雪、降溫等惡劣天氣，及時群發短信告知各部門及駕駛人員，以便及時采取應急措施降低極端天氣對隧道安全運營的影響。
 為了縮短救援、搶險時間，隧道分公司在反復論證和多次演練后，決定在隧道中間部位設置24小時消防值班點，配置摩托車，24小時值班，這樣就相當于在18公里長的隧道內間隔設置了4處應急救援值班點，隧道內任何一處發生火災事故，消防隊員都能在8分鐘之內趕到現場。2009年1月19日，隧道內一輛車發生火情，感溫光纖報警，監控值機員迅速啟動消防應急預案，消防員不到3分鐘就到達失火現場，整個事故救援處理過程僅用了20分鐘。
 秦嶺終南山特長公路隧道的建設徹底解決了陜南與關中地區的交通難題，讓西安與柞水間的行車里程比原來縮短了65公里，而且完全不受冬季積雪等影響。陜西省交通建設集團積極應用已取得的各項技術研究成果，并不斷創新、完善，讓秦嶺終南山特長公路隧道始終保持安全暢通，實現了“世界級的工程，世界級的管理”目標，對提升全國特長公路隧道的建設、運營管理水平具有重要意義。