8月16日5時50分，港鐵九龍南線開出首班車，香港鐵路東鐵和西鐵以紅磡站為轉乘站，通過零距離換乘，成為實際意義上的同一條線。
 香港鐵路東鐵始建于1910年。1975年，東鐵在九龍的終點站改為紅磡站。西鐵建成于2003年底，從九龍南部的南昌站出發，到達新界的屯門，是連通九龍新市鎮和中心區的軌道交通工具。而東鐵與西鐵之間，只能靠免費巴士連接。
 九龍南線2005年10月開工建設，全長3.8公里，一端連接西鐵南昌站，一端連接東鐵紅磡站，中途設柯士甸站。九龍南線通車后，紅磡站成為樞紐站。其一、四站臺停靠東鐵列車，二、三站臺停靠西鐵列車，旅客到達紅磡站后，只需登乘站臺對面的列車即可方便地轉乘。
 九龍南線開通后，旅客從屯門到紅磡只需38分鐘，比原來轉乘巴士節省了20分鐘。預計西鐵每天可增加3萬旅客乘車。但由于轉乘和調整首班、末班車時間等原因，有約1萬人受影響，而特區政府運輸署則取消或調整了21條巴士線路。
 8月16日，港鐵公司在紅磡站大堂增設電子顯示屏，在列車的車廂里增加廣播，并派出400多名服務大使向旅客進行宣傳和引導。