未來南京城市的綜合交通目標是：“暢達、綠色、和諧”。 
　　草案中，提出了一個“2133”概念，即：長三角中心城市2小時內通達,南京都市圈1小時通達,都市區3刻鐘(45分鐘)通達,主城內30分鐘通達。還有一個“3155”的框架，即：主城區85%單程出行時間控制在30分鐘以內,驅車15分鐘上快速路,15分鐘上高速路,城市居民步行5分鐘內可達公交、地鐵車站。 
　　16條跨江通道連南北 
　　草案將跨江通道由現行規劃的8條，調整至過江通道10個，遠景預留4個，規劃鐵路與軌道過江通道7個。未來，16條過江通道可以將江南和江北之間的交通網絡實現公路、城市道路、鐵路、城市軌道跨江成網成環。 
　　記者對比新老規劃，除已建成長江大橋、二橋、三橋和在建的長江四橋、大勝關鐵路橋（城市軌道8號線“捆綁”過江）、應天大街過江通道外，還有，南京長江五橋（位于城市西部夾江城南水廠取水口附近）、龍潭過江通道、模范西路過江通道（即緯三路過江通道），北京西路過江通道（城市軌道4號線過江通道）。本次新規劃了錦文路過江通道和仙新路過江通道（城市軌道16號線“捆綁”過江），這兩條新增的過江通道，分別一頭一尾地位于板橋和河西。 
　　4個遠景預留的過江通道分別為：漢中西路過江通道（道路過江通道）、建寧西路過江通道（道路過江通道）、上元門過江通道（道路過江通道，鐵路過江通道，城市軌道3號線過江通道）、七鄉河過江通道。近期，上元門、梅子洲過江通道的前期研究即將展開。 
　　軌道交通網媲美巴黎 
　　在總規草案中，軌道交通線網由原來規劃的13條，433公里，增加到了16條，645公里。軌道線網建成后實現主城30分鐘內通達，都市區45分鐘通達。 
　　按照規劃，南京中心城區線網密度可達到0.66千米/平方千米，主城區線網密度0.86千米/平方千米。規劃城市軌道交通車站339座，其中兩線換乘站達到了63座。今后南京城市軌道交通線網規模和密度將與大阪、名古屋、巴黎等世界先進城市的現狀規模相當。 
　　為自行車步行規劃道路 
　　總規草案中也對停車泊位進行了規劃，未來停車泊位要達到城市汽車擁有量的115%—130%。 
　　非機動車和步行一直都是南京居民出行的主要方式。總規草案中要求，在次干道以及以上等級道路上，實現機動車與自行車之間的物理隔離，為自行車、步行交通創造條件。在城市生活居住區，落實慢行交通與公共交通的換乘設施用地，提倡慢行交通+公共交通的出行方式。