在繼續(xù)引入加工貿(mào)易產(chǎn)業(yè)的基礎(chǔ)上，2008年封關(guān)運(yùn)行的昆明出口加工區(qū)正在經(jīng)歷重大調(diào)整——充分依托國(guó)家政策，實(shí)現(xiàn)園區(qū)經(jīng)濟(jì)運(yùn)行模式向綜合保稅物流區(qū)的過渡。隨著保稅物流業(yè)務(wù)的快速拓展，今年昆明出口加工區(qū)可提供稅收3000萬(wàn)以上。 
　　2008年2月28日，昆明出口加工區(qū)通過國(guó)家發(fā)展改革委、海關(guān)總署等國(guó)務(wù)院九部委的驗(yàn)收正式封關(guān)運(yùn)行，標(biāo)志著云南經(jīng)濟(jì)朝外向型經(jīng)濟(jì)方向發(fā)展的開始。7月11日，昆明海關(guān)在昆明出口加工區(qū)正式設(shè)立通關(guān)監(jiān)管、服務(wù)常設(shè)機(jī)構(gòu)并開始工作。 
　　但是，云南出口加工貿(mào)易基礎(chǔ)薄弱。2008年昆明96億美元的進(jìn)出口額，只有5億美元是以加工貿(mào)易為主。同時(shí)，2008年進(jìn)一步深化的全球金融危機(jī)使得中國(guó)的加工貿(mào)易出口受到嚴(yán)重打擊，昆明出口加工區(qū)也因此流失了一些項(xiàng)目。 
　　2008年底，國(guó)家同意全國(guó)范圍全部56個(gè)出口加工區(qū)拓展保稅物流功能。這一決定打破了昆明出口加工區(qū)單一從事加工貿(mào)易業(yè)務(wù)的局面，也為昆明出口加工區(qū)向集保稅物流、國(guó)際貿(mào)易等為一體的綜合型保稅區(qū)域轉(zhuǎn)型奠定了基礎(chǔ)。昆明出口加工區(qū)保稅物流園區(qū)項(xiàng)目預(yù)計(jì)2009年下半年開工，總用地約為470畝，建筑面積約40萬(wàn)平方米，總投資為8億，其中保稅物流監(jiān)管系統(tǒng)投資4.5億元。建成后，預(yù)計(jì)年產(chǎn)值將達(dá)60億元。其政策優(yōu)勢(shì)在于國(guó)內(nèi)貨物進(jìn)入園區(qū)視同出口，出口即辦理退稅，一方面縮短退稅辦理時(shí)間，另一方面可以減少企業(yè)占用資金。
    昆明出口加工區(qū)鄰近昆玉、昆石高速公路，南昆鐵路的貨運(yùn)站、昆河鐵路（輕軌線）、昆洛路、廣福路及昆明繞城高速。保稅物流園區(qū)項(xiàng)目在設(shè)計(jì)上將力求打造成中國(guó)面向東南亞、南亞地區(qū)的重要保稅物流結(jié)點(diǎn)，中國(guó)西南部地區(qū)的保稅物流基地，云南省保稅物流中心，構(gòu)筑公路、鐵路、航空聯(lián)運(yùn)的物流平臺(tái)。另一方面，項(xiàng)目基于出口加工區(qū)的功能拓展綜合保稅物流功能，兼具口岸和貿(mào)易功能，有口岸即可報(bào)關(guān)，無(wú)需二次轉(zhuǎn)關(guān)，大大縮短了時(shí)間成本和運(yùn)輸成本。更重要的是，此舉增強(qiáng)了區(qū)位優(yōu)勢(shì)，增加了地方稅收。加工區(qū)可收取5%的營(yíng)業(yè)稅，增強(qiáng)可持續(xù)發(fā)展的能力，同時(shí)整合昆明一大批物流企業(yè)，涵蓋國(guó)際貿(mào)易、采購(gòu)、研發(fā)、檢測(cè)維修等各個(gè)領(lǐng)域。