國務院關于上海“兩個中心”建設的《意見》通過不到一個月，上海市便公布《滬貫徹國務院關于推進“兩個中心”建設實施意見》(下稱《實施意見》)。推進“兩個中心”建設的步伐已經雷厲風行地展開，有關航運中心建設的59項具體任務已經梳理出來，并確定了牽頭單位，2009年的工作推進表也已下發各相關部門。
但是，由于各個參與方在其中的力量權重的微妙變化，上海國際航運中心建設面臨著協調內部各區域和長三角各港口的新任務。
對內協調
在國務院出臺的推進上海“兩個中心”建設的意見中，明確了上海發展航運服務功能區的“一港三區”(洋山保稅港區、北外灘航運服務集聚區、陸家嘴[0.00 0.00%]航運金融集聚區、臨港新城航運物流區)格局。 
上海交通運輸與港口局研究室處長茅伯科日前在參加上海國際航運研究中心研討時指出，“一港三區”不能相互挖墻腳，相互吸引對方的企業入駐并不能解決整個上海的增量問題，關鍵要爭取優質資源，擴大整體增量。
不過，在實際運作過程中，競爭仍然不可避免。上海航運中心研究所秘書長真虹坦言，北外灘此次可能會受到一定的沖擊。“已經有不少航運企業在打聽，是否可以在洋山港那里享受實際的相關優惠政策。”真虹說。
《實施意見》決定，對注冊在洋山保稅港區內的航運企業從事國際航運業務取得的收入和倉儲、物流等服務企業從事貨物運輸、倉儲、裝卸搬運業務取得的收入，免征營業稅。同時，繼續實施中資外籍船舶特案減免稅政策，將執行截止日期由2009年6月30日延長至2011年6月30日。
自2005年12月洋山保稅港區開始運作至今，雖然發展速度很快，但仍舊面臨諸多瓶頸，比如整個建設成本過高，企業商務運作成本居高不下，進入保稅港區的企業不多。但免稅等優惠政策，勢必對部分企業產生吸引力。而在綜合試驗區的背景下，洋山保稅港區的優惠政策，還會分階段地不斷出臺。
虹口區政府將航運作為促進該區經濟社會發展的主戰略之一，從建設東大名路一條街到北外灘航運服務集聚區，再到提出“航運虹口”已歷經10年。10年大量投入和努力的結果，使目前虹口區航運企業總數達到2300家，2008年航運稅收占區級稅收總量達到15%，同比增長20%多。
5月5日，虹口區委、區政府召開了北外灘航運服務業發展專家委員會第五次全體會議專家論壇。
不過，一位長期從事上海國際航運中心發展研究的專家對CBN記者表示：“企業分兩種，一是中海、中遠等大公司，財政本來就在市里，注冊地到哪兒都無所謂。另一種是小企業，它的營業收入也不高，再在洋山港設立公司，也需要成本，綜合衡量下，即使有企業轉移，也不會很多。”
對于自身面臨的形勢，真虹表示，虹口也非常關注，已經委托了一些單位進行研究，主要就是研究國務院的意見出臺后，虹口如何在航運發揮更大的作用，不過目前還沒有形成一個很完整的方法和戰略。
在上述北外灘航運服務業發展專家委員會第五次全體會議專家論壇上，上海組合港管理委員會主任王明志就建議，要進一步研究如何發展北外灘航運服務集聚區，如何根據國務院《意見》指出的方向來推進工作，注重研究如何承接洋山保稅港區功能的拓展，做到強化優勢、彌補弱點。同時要進一步爭取國家和市里的政策支持，積極完善區內的相關政策，要在現有基礎上，進一步找到更加具體的措施來吸引或者留住企業和相關單位。
上述專家則表示，有政策優惠的地區，會有一定的好處，但是不要低估沒有政策優惠區域的創新能力，“政策優先創新無限”。
在“一港三區”之外，還有一個寶山區，航運業也發展得風生水起。茅伯科在6日的上海國際航運研究中心研討時指出，在航運服務功能區發展上，上海不能僅僅局限于“一港三區”范圍，比如寶山區占據長江、黃浦江兩江岸線，航運資源豐富，水上客運集聚，散貨物流、港航物流、內貿物流發達。所以盡管在這次《意見》中，寶山并未被列入“一港三區”的整體格局，但上海在進行航運功能布局時有必要統籌規劃。
真虹也表示，寶山的優勢在于散雜貨運輸，這一點沒有別的地方可以取代。同時其在建的吳淞口國際郵輪港，也能夠停泊10萬噸級以上的大型郵輪，對于發展郵輪經濟也是很有幫助的。
“各個區肯定會想很多的辦法，通過競爭最終達到一個優化，但畢竟通過競爭達到優化的成本會比較高，所以我們還是需要協調。”真虹說。
上述長期研究上海國際航運中心建設的專家表示，上海國際航運中心建設應該要做一個規劃，在規劃中梳理一下各方面的關系，包括各區域的功能定位布局，同時形成良好的推進機制，確保在規劃控制范圍內發展。
對外協調
在協調內部關系的同時，上海國際航運中心建設，也必須整合好長三角的整體港口群資源。根據國務院出臺的《意見》，到2020年，要基本形成以上海為中心、以江浙為兩翼、以長江流域為腹地，與國內其他港口合理分工、緊密協作的國際航運樞紐港。
長三角港口整合的聲音并非從此時才開始發出，早在1997年9月29日，國務院就批準建立了上海組合港管委會，其職責是“以上海為中心，浙江和江蘇為兩翼，在不改變原有地域和行政隸屬關系的前提下，對相應港口的集裝箱碼頭泊位進行組合”。但是效果甚微。滬、浙、蘇三地分別以洋山港、寧波港和蘇州港為舞臺，展開了激烈競爭。
“前些年，上海港的壓力一直很大。”上述專家表示。港口整合雖然很難，但為了2020年基本建成國際航運中心的目標，長三角港口資源的整合，又箭在弦上，不得不發。
長三角區域目前擁有7個主要海港和約20個內河港口，成為我國港口密度最大的地區之一。隨著現代綜合交通體系的不斷完善和建設上海國際航運中心，長三角沿江沿海港口的結構和布局存在的問題也不斷凸顯。
國家發改委長三角區域規劃綜合組成員、上海社會科學院城市化發展研究中心主任郁鴻勝此前在《文匯報》撰文指出，長三角大中小泊位的比例失衡，在長三角沿江沿海的2000多個生產性泊位中，萬噸以上泊位只占20%。集裝箱、礦石、煤炭等大型專業化的泊位缺乏，大型專業化泊位比重較低，各類港口的布局和分工不合理，影響了長三角區域港口整體效益的發揮。
上述專家告訴CBN記者，在兩省一市的港口群的競爭關系中，要把政府行為和企業行為區分開，從政府角度來講，不能過度參與競爭。而企業作為市場主體，就應該進行競爭。“上海國際航運中心建設面臨著體制性障礙，如何使政府退出競爭，或者使其不要過多干預競爭，只有把這個問題解決好，才談得上長三角港口群的合理布局。”
在目前的情況下，上海推進“兩個中心”建設中建立的以國家發改委牽頭的協調機制，一定程度上或許可以解決長三角之間的競爭格局。《實施意見》中也明確表示，鼓勵支持港口、航運企業以資本為紐帶，開展跨區域合作。真虹表示，以資本為紐帶，使不同的企業形成聯合體，以利潤為目標來整合長三角港口資源，可能更好做一些。“但現在問題是企業是國有，他們面臨很多政府的壓力。”
與此同時，恐怕就是要上海借助自身的努力，真正樹立起在長三角港口群中的地位。比如借助于集疏運體系的建設，使得洋山港成為一個中轉重地。寧波梅山保稅港區管委會副主任孫義為告訴CBN記者，一旦洋山港成為中轉中心，周邊的港口會自動地做些結構的調整。“我們可能更多地到美東，北侖港更多地到美西，川山港可能更多是到非洲。結構也會調整，有的專門做礦石，有的專門做煤炭，有的專門做化工。港口之間的功能與結構會發生一個很大的變化與重組，港口之間的協作會更加加強，今后我們的機遇就在分工協作中找到自己的定位。”
真虹說，上海下一步不應該過多地去關注吞吐量，吞吐量是第一第二還是第三，并沒有什么區別。而應該積極發展航運的服務業，“我想以后長三角的格局應該是，裝卸在寧波，交易在上海，融資在上海，這就差異化了。”
上述專家指出，港口之間的競爭，更多地來自城市的產業功能定位，正是因為城市的產業的同質化，才都想通過港口集聚臨港產業，都要建大碼頭，搞大港口，導致港口的結構雷同。
“因此，上海接下來推進‘兩個中心’的建設，實現上海經濟的轉型，本身也是艱難地推進長三角港口群的合理布局。”