2009年4月3日新醫改配套方案即將出臺，市場預期醫藥行業將因此迎來一輪大發展，也將促使醫藥流通企業加速整合。中投顧問醫藥行業研究部分析師許玲妮認為，生產企業直接投標而不是由流通企業投標，將引發醫藥流通企業的洗牌和淘汰。 
由于生產企業直接面對終端的政策規制，客觀上加強了生產企業在與流通企業博弈中的優勢，提高了生產企業在藥品流通中的地位；而流通企業處于夾縫中生存的狀態，在博弈中的地位將會下降。流通中間環節將大幅減少，使得藥品流通市場份額將大幅壓縮。流通企業惟一的出路就是做大做強，成為生產企業不得不依靠、醫療機構不得不利用的中間環節。在這個階段，流通企業的洗牌和淘汰將進一步加劇。資金雄厚的大企業必將大力擴張、拓展渠道，而小企業被生產廠家選為配送企業的幾率極小，可能面臨被淘汰的命運。  
有業內人士預測，醫改后，至少20%的醫藥流通企業將倒閉，市場也有望快速集中到幾大醫藥流通企業龍頭手中。  
2009年1月，衛生部等六部委已經聯合出臺《關于進一步規范醫療機構藥品集中采購工作的意見》(簡稱《意見》)，在該《意見》中明確提出，全面實行政府主導、以省(自治區、直轄市)為單位的網上藥品集中采購工作。《意見》中還提到，在招標過程中，藥品集中采購由批發企業投標改為藥品生產企業直接投標。顯然，按照最新的政策，在負責招標的部分，流通企業被排除在外，而招標完成后，從生產企業到醫療機構，中間只能經過一家配送企業。以往，從醫藥生產企業到醫療機構，中間的環節一般都在三四個環節以上，層層分銷是藥價虛高的一個重要原因。  
2009年3月13日正式發布的《物流業調整和振興規劃》中就明確提出：實行醫藥集中采購和統一配送，推動醫藥物流發展。值得注意的是，醫藥物流第一次明確作為物流業的分支在全國性的正式文件中提出。長期以來，我國蓬勃發展的醫藥物流業受制于我國基礎物流業發展的滯后，產生了貨物配送難、農村市場開發難、特殊藥品配送質量難以保證等許多讓企業頭疼的問題。此次振興物流業的工程如能有效實施，必將明顯促進醫藥物流業的發展。  
據悉，醫藥流通企業的巨頭已經開始布局全國。2009年2月，國內醫藥流通領域排名第一的國藥集團復星醫藥向國藥投資有限公司注資6億元，以構建其在全國的分銷網絡。  
而國內最大的民營醫藥商業企業九州通集團，也正加緊布局全國。九州通集團計劃在全國范圍內逐步建立15家子公司、100家二級配送中心、5000家連鎖零售店。  
上海醫藥2月26日發布公告稱，公司決定投資4500萬元以川橋路1065號地塊為基礎建設上海醫藥現代物流中心浦東分中心。