一是加快提高干支流航道等級，實施嘉陵江、烏江、小江等庫區重要支流航道開發工程。二是建成主城寸灘、果園、南岸東港和茶園、九龍坡黃謙、萬州江南、涪陵黃旗、長壽重鋼新廠區、忠縣海螺水泥廠等大型專業化碼頭，到2012年使全市港口貨物吞吐能力達到1.4億噸，集裝箱和滾裝汽車吞吐能力分別達到300萬標箱、160萬輛。三是推進船舶標準化進程，到2012年使船舶運力達550萬噸，貨運量達到1.2億噸，水運各項主要指標在“十五”末的基礎上翻一番，形成以重慶保稅港區為依托，航運企業聚集、航運要素市場活躍、配套服務完善的國際貿易與航運服務區。