為充分發揮張家港保稅區、保稅物流園區充分發揮物流載體效應，張家港保稅區海關因地制宜，積極發揮自身作用： 
一、深化業務改革，創新監管舉措，使物流園區實現了跳躍發展的良好勢頭，貨運量、貨值在全國保稅物流園區位居前列，08年11月張家港保稅港區獲國務院批復同意，標志著特殊區域整合發展進入了一個嶄新的階段。
二、首先引導物流差異化。大宗散貨實現了市場集聚以及周邊地區產業銜接配套，為“長三角”和中西部吐納物流提供了運輸多樣選擇。其次，促進貿易功能的多樣化。拓展轉口貿易、國際采購、分銷和配送、國際中轉及區間轉讓等功能。再次，加強臨近區域的緊密度。通過促成園區和保稅區之間的聯動，第四，針對毗鄰揚子江化學工業園跨國企業多、物流量大的特點，挖掘園區功能優勢，為化工園企業實現零庫存和成品倉儲提供通關便利。
三、加強與外管、國稅、工商、國檢等部門的聯系配合。積極實施跨江聯動、區港聯動和區區聯動“三大”聯動。即通過“屬地申報，口岸驗放”模式，使長江流域的企業可借助張家港保稅區物流平臺，借船出海。通過疊加保稅物流功能和港口功能，加強與永嘉碼頭、上海洋山碼頭等港口的快速聯動，有效地輻射和促進區域物流的快速發展。進一步加強與廈門象嶼保稅區、昆山出口加工區等聯系，開辟物流“綠色通道”。
四、堅持分類指導，實行扶優汰劣的方針。對守法經營，信譽良好，發展前景廣闊的企業，可享受“提前申報、雙提前申報，集中報關、快速轉關、加急通關”等個性化服務。同時，引導企業按照“提前申報，貨到驗放”的方式進行，降低了企業成本。改革業務流程，推出“F”通道，在不增加現有人員的情況下，重新調整人力資源配置，重組業務流程，優化作業程序，對其中不涉稅、不涉證的單證，實行接放一體作業，變雙人、雙崗的接單、放行兩個作業環節為放行作業一個環節。推廣便捷審價，推行網上支付。實行“公式定價”，只需在年初向南京海關進行價格備案，以后每票貨物均可按備案單價快速估價，企業可定期根據實際情況向海關補交稅款，此舉極大地方便了企業繳稅。
五、大膽嘗試新的通關監管模式，為提高對物流倉儲企業的管理水平，把區內倉儲企業實施星級分類管理。實施項目專管，建立綠色通道。充分發揮港口大吞吐量的集散優勢，錯位上海港口，發展液體化工品、集裝箱、件雜貨等特色物流，不斷增強物流集聚效應，推進快捷轉關，為華東和中西部地區開辟便捷的物流輸送通道。
據統計，2008年兩區共監管進出口貨物977萬噸，同比增長了4.95%，貨值近121億美元，同比大增13.85%。海關征收稅款達創紀錄的44.7億元，同比增長了9.76%。物流園區入區退稅功能充分發揮，共簽發出口退稅聯15151份，貨值38.2億元，同比增長了83.04%，是增幅最高的一年。