在經濟危機情況下，為了給特殊監管區內企業提供更大的通關便利，大連海關研發出針對特殊監管區域的直通關程序。在直通關申報模式下，企業入區貨物只需一次申報，一次放行，憑放行后的報關單和相關單據直接到口岸提貨。直通關申報比轉關申報提貨時間要快1個工作日。即使特殊情況，也比轉關申報提貨時間快0.5個工作日，通關速度提高了50%以上。此外，采用直通關申報模式，只需一次申報、放行，車輛不必像轉關申報那樣嚴格要求提前固定，這樣也提高了企業車輛的利用率，增加了車輛的運力。 
據悉，直通關申報模式得到了區內物流企業的高度評價與認可。目前，進口直通關單據已占水運單據的90%以上。為進一步拓展轄區企業發展空間，提高特殊監管區內企業的競爭力，大連海關還將進一步推出特殊監管區與口岸之間出口貨物的直通關申報業務。