在學習實踐活動分析檢查階段，交通運輸部直屬機關各單位在召開專題民主生活會的基礎上，認真研究確定思路和框架，廣泛征求各方面意見和建議，反復修改完善，努力使分析檢查報告成為推動本單位本部門科學發展的指導性文件。各單位的分析檢查報告主要體現了五個特點。 
    一是總結成績客觀全面。公路司從堅持以人為本、把工程質量和安全監管放在突出位置等方面總結了成效。水運司從基礎設施建設、運輸市場監管、行政管理體制創新等方面總結了成績。離退休干部局從加強研究新形勢下離退休干部工作的新情況、新問題等方面總結了工作成效。 
    二是形成的發展共識具體深刻。人勞司形成了“五個必須堅持”的共識，即必須堅持服務部黨組中心工作、必須堅持以人為本、必須堅持公道正派、必須堅持統籌兼顧、必須堅持緊抓自身建設不放松。機關服務中心形成了三方面共識，即履行好為機關服務的宗旨和職能是生存之本、發展之基，與時俱進、改革創新是后勤服務工作科學發展的動力，全面協調可持續是后勤服務工作科學發展的基本要求。交通部管理干部學院形成了必須站在服務交通運輸行業科學發展的高度謀劃學院科學發展等共識。 
    三是查擺問題分析原因實事求是。規劃司梳理出了交通發展戰略政策研究相對薄弱等18個問題�？平趟臼崂沓隹蒲匈Y金投入機制不完善等四個突出問題，確定了創新能力建設、重點研發領域和方向、信息共享平臺建設等三個專題。辦公廳查找出了學習和把握科學發展觀科學內涵和精神實質不夠深、自覺實踐科學發展觀的能力和水平不夠強、推進思想解放和觀念轉變力度不夠大、開拓視野和提升戰略思維能力不夠好等主觀不足。人民交通出版社查找出了創新意識不強、抓隊伍素質建設力度不足等主觀原因。 
    四是謀劃科學發展的思路清晰措施具體。體法司提出要破除“等、靠、要”的思想，積極作為，提高核心競爭能力；破除墨守成規、不思進取的思想，提高崗位創新和團隊學習能力；破除“重立法許可，輕執法監督”的思想，提高立法質量和執法水平；破除“不想協調、不敢協調、不會協調”的思想障礙，提高組織協調能力。財務司針對創新融資模式、適應成品油價格和稅費改革等提出五條具體措施。直屬機關黨委強調要著力破除抓不抓黨建對發展影響不大、為黨建而抓黨建、重管理輕服務等思想。海事局提出“九個突破”，明確五方面改進措施。中國交通報社進一步細化堅持發展的四條基本思想、抓好五項基礎建設、實施六個發展戰略、實現八個轉變等具體工作措施。 
    五是加強領導班子建設體現科學發展觀要求。評價中心從增強決策科學化民主化水平、增強工作實效、增強拒腐防變能力等方面明確了具體措施。救撈局從堅持理論武裝、堅持開拓創新、堅持民主決策、堅持正確用人導向、堅持求真務實等方面提出明確要求。交科院提出要著力加強院領導班子的思想建設、民主建設、作風建設和廉政建設，努力形成長效機制。