2008年12月15日兩岸直接“三通”以來，閩臺食品貿易額成倍增長。至2月15日，福建檢驗檢疫局共檢驗檢疫涉臺食品445批、0.26億美元，同比分別增長62.4%和146.8%。其中，從臺灣進口食品195批、0.03億美元，同比分別增長109.7%和227.6%；輸往臺灣食品250批、0.23億美元，同比分別增長38.1%和139.3%。進口食品主要為水產品、酒類、茶葉、調味品和飲料等；出口食品主要為水產品、糧食制品、海藻類、蔬菜制品等，其中水產品分別占進出口涉臺食品貨值的70%和80%以上。
        福建檢驗檢疫局充分發揮檢驗檢疫職能優勢，積極促進涉臺食品貿易。一方面，落實惠臺措施，對來自臺灣漁船自捕水產品，憑公海自捕許可證、貿易合同等資料報檢，不再要求提供臺灣主管部門出具的衛生證書；簡化報檢程序，開設“綠色通道”，推行預檢驗制度，采取快速檢驗檢疫、快速檢測、快速放行的“三快”措施，加快通關放行速度。另一方面，加強重點敏感產品的檢驗監管，減少低風險產品的抽檢頻率和檢測項目，提高涉臺食品檢驗監管工作的針對性和有效性；主動提供技術、信息以及政策咨詢服務，幫扶海峽兩岸農業合作實驗區、臺灣水產品集散中心完善檢驗檢疫設施和企業質量安全管理體系，服務閩臺博覽會，為企業擴大食品進出口創造有利條件。