據深圳海關網站報道，該關隸屬蛇口海關積極部署完善海運通關改革配套相關工作，提高改革綜合效能，
一是協調碼頭經營企業加快港區電子閘口建設，盡快將電子箱號識別、CCTV中央監控系統等設施安裝到位；二是推進系統整合，將閘口系統納入海關系統管理，將口岸一般貿易監管、保稅監管、散貨監管等系統整合至海關同一平臺；三是推進港區綜合治理，要求碼頭企業及時更新備案資料；四是完善推廣“蛇口海關兩倉作業系統”，配合碼頭企業推動保稅港區的建設；五是推動散貨監管改革，實行散貨碼頭封閉式卡口管理，結合裝卸環節實施查驗，實現散貨進出閘的“遠程控制、自動核放、逐票扣減（累計）、總量核銷”。