據重慶海關網站報道，２００８年，重慶海關在海關總署的正確領導下，堅持以科學發展觀為指導，認真貫徹“依法行政，為國把關，服務經濟，促進發展”的海關工作方針，主要包括： 
    一是圍繞落實署市合作備忘錄，全程推進保稅港區的申報和建設，確保順利獲批、正式成立。圍繞支持試驗區建設，關領導帶隊赴區縣調研，研究出臺了《重慶海關支持重慶進一步擴大開放十項措施》；支持重慶航空口岸開辟新渠道、拓展新航線，配合鐵路口岸開通新班列，協助重慶郵政籌建國際快件中心，確保重慶至上�！拔宥ā笨彀噍嗧樌�運行；推進加工貿易聯網監管和“流程再造”，積極參與市政府主辦的“深圳－重慶加工貿易梯度轉移招商會”，以及惠普、西永微電園等重大招商引資活動，為“811工程”提供便捷的通關服務，協調解決了重慶地區成套設備和整船出口遇到的問題。 
    二是不斷創新加工貿易和保稅監管制度，嚴格依法行政，貫徹進出口稅收政策，加強監控、強化復核，2008年稅收達39.1億，同比增長8.1％，創歷史新高。積極推進“屬地申報、口岸驗放”區域通關改革，全年區域通關貨運量首次突破200萬噸大關，占同期重慶關區貨運總量的52％，極大地拉動了重慶物流業的發展。共受理協查案件近百件，案值涉及金額近兩億元，打擊走私犯罪活動76起。同時還加大了對知識產權侵權行為的打擊力度，累計查獲知識產權案件8起，涉案總貨值逾646萬元。這些強勁措施既有力地維護了國家利益，也為重慶市外向型經濟的發展創造了良好的環境。
    三是為了增強重慶在金融危機中的“抵抗力”，重慶海關認真貫徹落實《署市合作備忘錄》和《海關總署擴大內需促進經濟增長十項措施》精神，采取各項舉措，幫助地方政府和企業共同應對金融危機影響外，還量體裁衣出臺了《重慶海關支持重慶進一步擴大開放十項措施》和《重慶海關幫助重慶應對金融危機促進經濟增長七項措施》，積極為重慶度過金融寒冬保駕護航。 
    此外，該關還針對當前經濟形勢推出了《重慶海關應對金融危機促進經濟增長七項措施》、《重慶海關支持重慶進一步擴大開放十項措施》。