根據相關部門的意向，新疆還貸二級公路收費取消或有推遲。 
1月21日，新疆維吾爾自治區交通廳相關負責人說：“有關政府還貸二級公路取費是否取消的問題，交通部門已上報自治區政府，目前在等待批復。”但該負責人同時表示：“新疆地處偏遠，經濟相對落后，短期內執行取消二級公路收費取消的相關通知存有一定難度。” 
據介紹，政府還貸二級公路即以政府為主體，向銀行申請貸款并投資興建的二級公路，基本不包括通過BOT等模式興建的私人投資性質公路。 
此外，新疆還面臨較大的公路項目建設還債壓力。目前，全區公路項目累計債務總額259億元。截至2008年10月底，新疆二級公路貸款余額為191億元。其中，二級公路自身使用貸款67.6億元，由統貸統還捆綁的未收費公路及農村公路貸款余額101億元，各地州市承貸的農村公路政府信用平臺貸款22.4億元。 
以2008年為例，新疆應支付公路建設貸款本息49.6億元，其中本金30億元、利息19.7億元，平均每天需支付貸款本息1359萬元。 
2008年12月21日，國家高速公路網連云港-霍爾果斯高速公路最西端的果子溝口-霍爾果斯口岸高速公路（以下簡稱果霍高速公路）和國道218線清水河至伊寧市高速公路（以下簡稱清伊高速公路）正式試通車，這兩條高速路交由伊犁公路總段接管和養護。 
2015年，新疆如能初步完成干線公路網建設，預計二級公路債務將達到500億至600億元。按照中央與地方六四開的比例，新疆將承擔200億元以上債務，償還還有一定難度。若能爭取到中央優惠政策按照七三開或更高的比例，新疆才完全有能力償還。 
為此，交通部門建議暫不撤銷政府還貸二級公路收費，而是緊緊抓住國家拉動內需、加快基礎設施和民生工程等建設機遇，允許西部地區繼續建設和審批政府還貸二級公路政策，在“十一五”后兩年和“十二五”期間，加快新疆國省干線公路改造建設。 
同時，根據國家財政部等五部門2008年12月22日公布的取消公路養路費等六項收費政策的細則，全國各地取消政府還貸二級公路收費的工作將按照逐步、有序的原則進行撤銷。由于各省區市經濟發展狀況和道路建設狀況的不同，撤銷工作將由各省市按照自身實際情況制定時間表。 
據介紹，銀行貸款是新疆公路建設重要的資金來源，特別是在二級公路建設中貢獻很大。近年來，按照“貸款修路、收費還貸、統貸統還”的投融資機制，新疆從2000年以來先后建成了4000公里以上二級公路，還建設了5000公里以上不收費二級公路和大量農村公路。 
另外，2007年，全疆31個還貸二級公路收費站共收取車輛通行費7.1億元，同時由于二級公路收費站收費區間都較長，尚無一個收費站出現收費收入不足以支付收費管理支出的現象。 
去年新疆交通規費欠繳5.8億元 
1月21日，記者從新疆維吾爾自治區交通廳獲悉，2008年，全區計劃征收交通規費32億余元，但實際完成26.26億元，欠收5.8億元，其中，欠費較嚴重的地區包括喀什、烏魯木齊等地。 
交通部門分析認為，交通規費欠繳情況嚴重的主要原因是，自2008年11月國家醞釀出臺費改稅以來，有相當一部分車主持等待、觀望態度和心理，甚至惡意拖欠、拒繳規費。 
按照國家要求，交通部門將進一步征繳欠繳費用，拖欠交通規費的車輛將自動錄入電腦欠費車輛系統，但新疆目前還未出臺具體的清欠措施，而交通征稽部門自1月1日起不再擁有執法權，使得征繳欠繳費用的工作較為被動。 
以往每年12月份，交通部門都會通過媒體發布消息對下一年度的養路費進行征繳，并推出不同的優惠措施，同時根據公路建設和養護需要及時安排資金支出。 
今年起停征養路費、征繳欠繳費用工作的被動、規費欠繳帶來的資金缺口使得交通行業今后將難以根據公路建設和養護需要適時安排和調劑資金，這將對新疆公路建設和養護管理產生較大影響。