隨著國際貿易的發展和國際航運業的復蘇，集裝箱運輸以其獨特的優點得到迅速發展，集裝箱的檢驗檢疫已成為各國出入境法定檢驗檢疫的重要內容。 
　　世界衛生組織（WHO）制定并經各國政府批準的《國際衛生條例》規定：集裝箱在離境時，各出口國檢驗檢疫機構應采取一切切實可行的措施，對集裝箱實施檢驗檢疫；集裝箱到達時，各進口國檢驗檢疫機構亦可對到達的集裝箱實施檢驗檢疫；各國檢驗檢疫機構應盡可能確保國際運輸中的集裝箱在裝運貨物時無傳染性物質、媒介昆蟲和嚙齒動物。

　　世界各國對出入境集裝箱的檢驗檢疫作出了明確規定。如澳大利亞、新西蘭，由于兩國地理環境特殊，農牧業特別發達并在其國民經濟中占有重要地位，對檢驗檢疫工作特別重視，并對集裝箱的檢驗檢疫制定了詳細的規定。如澳大利亞檢驗檢疫局（AQIS）制定的《貨物集裝箱檢驗概況和檢疫程序》（1999年9月版）規定，只有具備檢驗檢疫機構和檢驗檢疫條件的港口方可進口集裝箱；申報集裝箱的檢疫處理必須是在集裝箱到達進境口岸之前；申報人向口岸動植物檢驗檢疫機構提供的單證包括集裝箱載貨明細單、港務公司或調箱員填寫的進境集裝箱申報單、由貨主或其代理填寫的裝載應檢集裝箱的檢疫申報單，其中集裝箱載貨明細單必須在船到港前5天提供；對集裝箱的檢疫處理包括：（1）對集裝箱內外木質結構必須按AQIS認可的方法進行永久性的免疫處理，檢驗檢疫機構對經永久性免疫處理的集裝箱實行注冊登記，對未經永久性免疫處理的集裝箱，則要求出口國提供有效期為21天的熏蒸證明；（2）對集裝箱內外必須進行嚴格的檢疫處理，以防止如蝸牛特別是非洲大蝸牛、土壤、植物性材料、動物性殘留物，甚至鳥糞等可能攜帶傳染疾病的媒介的傳入；（3）對集裝箱內應檢貨物的法定檢疫處理。

　　美國和加拿大，對來自斑皮蠹疫區的集裝箱不管裝載什么貨物，檢驗檢疫機構都要求進行熏蒸處理。對集裝箱箱體表面的檢查，主要針對來自非洲大蝸牛疫區的國家。檢驗檢疫機構與船公司、港務和海關聯網，可隨時查詢進境集裝箱的有關情況。

　　德國和荷蘭對出境集裝箱的檢驗檢疫按貿易合同或輸入國要求進行，對進境集裝箱的檢驗檢疫實行由公司自律管理的運行機制，政府一般不實施邊境檢驗檢疫和衛生除害處理，但對未經檢疫處理裝載動植物、動植物產品和食品等的集裝箱，則須與所載貨物一并進行檢驗檢疫或衛生除害處理。據德國專家介紹，由于德國所處的緯度較高，常年氣溫較低，某些在亞洲、非洲易生長繁殖的病蟲害，在德國難以生存。但對來自疫區的集裝箱，則根據其是否構成危害的實際情況，分為一般熏蒸消毒、轉至第三國、退回或銷毀處理。

　　大多數歐盟國家把檢驗檢疫工作放在產地，貨物入境時主要檢查有關證單，核對貨證是否相符等，必要時才實施抽查性檢驗檢疫。抽查頻度根據以前進出口記錄的風險分析程序來決定。在歐洲國家，集裝箱的檢驗檢疫主要在貨物集裝箱的集散地進行，如鹿特丹港設有專用的集裝箱集散區（專用冷庫），區內設有檢驗檢疫站；在植物進口的集散地，也設有專門的檢驗檢疫人員，實施審核單證、核對貨物并實施現場檢驗檢疫。

　　根據《新加坡傳染病檢疫實施細則》規定，新加坡政府要求，集裝箱業主、租用者、發貨人、收貨人或代理人，就保證集裝箱及內裝貨物始終無病媒昆蟲和嚙齒動物；集裝箱包裝、拆箱或貯藏的房地產業主或和用者，應保持該地無病媒昆蟲和嚙齒動物。