供應鏈是制藥企業最大的成本因素之一，并與整個制藥行業及醫生、患者的利益息息相關。中國醫藥流通領域癥結由來已久。據統計，我國醫藥商業的費用率高達12%以上，利潤率卻不到1%;而國外一般費用率在3%左右，利潤率卻在1.5%以上。2003年，一場SARS讓人們意識到了我國醫藥流通體系的脆弱，如何面對突發公共衛生事件成了擺在制藥企業眼前亟需解決的問題。如果說它是內部原因，那么入世后，隨著國外醫藥商業企業的大舉進入，我國醫藥流通企業將直接面對擁有雄厚資金實力、先進營銷策略和成熟管理體制的國外企業的競爭，就是外部因素了。對此，專家指出，只有優化供應鏈，借助物流配送中心的配送能力，提高物流的速度，以上問題才能從根本上得到解決。 
    現 狀
    目前，與國外相比，我國的醫藥流通企業仍然顯得十分稚嫩，在醫藥流通領域主要存在企業多、規模小、管理機制僵化、效率低、費用高、效益差、秩序亂等主要問題。
    規模：市場集中度低
    當前，我國從事藥品批發的企業多而小，我國名列前10位的流通批發企業的銷售額之和僅占市場總額的20%左右。對比美國的醫藥市場，規模是我國的近10倍，而美國的前三大藥品流通批發商卻占據了其國內市場的95%。企業的市場占有率和市場集中度低，導致企業的經營成本高，中國醫藥流通商業企業的整體經濟效益低下，成為醫藥物流發展的瓶頸。
    目前，我國醫藥流通領域的第三方物流公司普遍規模較小。這是因為我國大多數醫藥經營企業對物流成本總構成缺乏足夠認識，往往只看到直接的運輸和倉儲成本，而把管理和庫存成本排除在物流成本之外。庫存量過大與流動資金周轉慢,不僅成為加大物流成本的主要因素，而且成為影響醫藥企業競爭力的重要因素。在美國，許多中小型醫藥流通企業出于成本考慮，更傾向于把自己的物流業務完全分離出來，交給第三方物流公司，其中包括運輸、儲存等顯性成本;也包括庫存控制、信息處理等隱性成本。相比之下，我國相當多的中小型醫藥經營企業仍然保留著“小而全”的組織形式，從藥品的采購到銷售全過程的一系列物流活動完全由企業自身獨立承擔。
    管理：物流不應是大倉庫
    我國醫藥物流的發展最缺的不是硬件，而是軟件，既缺少醫藥物流管理，又缺少醫藥物流網絡體系、增值服務。雖然我國醫藥物流的基礎設施與裝備已初具規模，但大多為粗放經營，內在質量差、運作效率低。目前醫藥流通業極度匱乏醫藥物流的管理，或者說目前的管理根本無法適應發展的需要。長期以來，醫藥流通企業形成的傳統管理模式，都不能區分自身核心競爭力與非核心競爭力。
    按照現代物流管理原則中的供應鏈管理原理，批發商必須和零售商、供應商建立伙伴關系。這種合作關系除了人與人的交流外，還需要信息系統和技術支撐。如果沒有這樣的支撐，物流經營者對貨源單位不熟悉，對零售藥店、醫院藥房不能夠進行有效的管理、及時配送或者配送率不高，就不會形成競爭力。
    技術：尚有漫漫征途
    技術水平的落后也是制約我國醫藥物流發展的主要的原因。
    首先，信息化水平落后。在發達國家，互聯網信息技術、網絡技術相當發達，供應商、批發商、零售商都能通過網絡實現信息共享，使得數據能快速、準確地傳遞，大大提高了庫存管理、裝卸運輸、采購、訂貨、配送、訂單處理等的自動化水平。在我國，信息技術的應用尚處于起步階段，大多醫藥物流企業并沒有運用物流信息系統，信息缺乏相互鏈接和共享，遠遠沒有達到物流運作所要求的水平。盡管許多藥品供應商、中間商、零售商、醫院藥房等都配備了電子計算機，但由于相互之間大多沒有形成網絡，因而發揮的作用極為有限。
    其次，醫藥生產企業、商業批發企業還沒有形成統一的藥品標準編碼。我國目前物資編碼尚未實現標準化，各個領域分別制訂了自己的編碼，其結果是不同領域之間情報不能傳遞，計算機無法聯網，因而妨礙了系統物流管理的有效實施，醫藥行業也不例外。無論是工商企業、醫療機構自行設計的編碼，還是解放軍總后衛生部等各種機構設計的編碼，均是自成體系，因而只能在各自的系統內使用，相互之間并不能兼容。藥品進入不同的連鎖門店，就相應印上自己的編碼。進入超市的非處方藥，則被納入超市的編碼系統。不同的連鎖企業之間、連鎖企業與超市之間的互不兼容，勢必會造成信息處理和流通效率的低下，這是困擾物流配送的又一大難題。