目前，中小企業在自主創新中面臨著許多困難與問題，其中最突出的就是融資難。據統計，創造中國近6成GDP的中小企業貸款額僅占主要金融機構貸款額的16%。相對中小企業貸款需求而言，這個比例實在太小。據調查顯示，中關村科技園區企業資金缺口達400多億元，平均每家企業資金缺口280多萬，嚴重影響其科技創新活動。 據統計，2005年我國319家風險投資機構管理的631.6億元資本退出，總收入僅10.3億元。如何解決中小企業科技創新資金問題？ 
　　一是放寬科技型中小企業上市標準。可允許雖未達到國內上市標準但已成功在海外上市的公司在中小企業板上市，同時積極創造條件盡快推出我國創業板市場；二是加快產權交易市場建設。盡快制定與市場經濟相適應的《產權交易法》，大力推進全國性產權交易市場建設進程，開展對非上市股份有限公司股權的登記托管業務等； 三是政府應通過稅收、貸款等政策優惠鼓勵對風險投資介入的中小型高科技企業的兼并收購，以使風險投資能夠順暢退出；四是盡快制定《風險投資法》，從法律層面促進和規范風險投資的發展。
　　提高國家財政對中小企業特別是科技型中小企業自主創新的支持力度。嘗試開辦科技銀行。科技銀行可定位為設立在科技企業集中的高新區內的區域性銀行，貸款對象主要是區內發展成熟的科技型企業或有風險投資支持的科技型中小企業。
　　為降低風險，國家可通過政策傾斜鼓勵科技銀行與風險投資機構建立緊密的合作關系，甚至成為股東或合伙人，以利用風險投資機構在人才、組織方面的優勢及控制風險的能力。 推進再擔保體系建設。目前我國大多數擔保公司普遍存在資本實力不足、自身信用程度較低、業務規模偏小、主營業務虧損等問題，既難以獲得銀行等債權人的認可，也不利于整個行業的風險控制。因此，建立為擔保公司提供擔保的再擔保體系勢在必行。加強中小企業信用體系建設。首先，要努力營造一種誠實守信光榮、違約失信可恥的政策法制環境和社會輿論氛圍；其次，要建立中小企業商業信譽評估機制和信用檔案體系，推進企業與金融機構間信用信息共享，改善銀行與企業之間信息不對稱的局面；再次，建立嚴厲的信用懲罰機制，對惡意拖欠銀行貸款和逃避銀行債務的企業和個人，要給予嚴厲的懲罰，并在媒體上予以曝光；最后，要加強中小企業的信用管理，完善企業信用管理職能，建立企業信用管理制度，保證風險管理職能落實到人。