港珠澳大橋融資方案的最終敲定，與深圳不相連接，這種“無關”讓深圳的物流業感到些許緊張與壓力。  
　　大橋修通后，香港和珠江西岸從此可以直接連接，貨物運輸可以繞開深圳而直通香港。將不再是香港與內地相連的唯一通道，深圳對此早有心理準備，其物流業正在拓展新的空間。 
　　珠三角物流格局 
　　“因橋而變” 
　　融資方案剛出爐，即有學者提出，香港主導推動港珠澳大橋項目，可能有對深圳港口和物流行業分流其業務的擔憂，欲避免自身物流業被削弱的一種積極反應。 
　　從近幾年深圳物流業的發展來看，深圳的港口對香港物流業的沖擊日益加劇。依靠低廉的貨運成本和連通內陸的優勢，深圳港口不斷從被稱為世界貨運中心的香港分流碼頭業務。尤其值得一提的是，深圳鹽田港被國務院批準為“區港聯動”的試點之一，建立了鹽田港保稅物流園區。鹽田港保稅物流園區啟動以來，每年以50％的速度增長，已穩居世界第四大集裝箱港，進而蠶食了香港的貨柜吞吐量，造成香港貨柜吞吐量連續兩年下降為世界第二位。 
　　力推港珠澳大橋，香港依靠打通珠江西岸通道，保持自己在物流業的核心地位。 
　　目前物流通道是，從珠海、佛山、中山發出的集裝箱必須要先運到廣州，然后轉到東莞、深圳，再到香港，途中必須經過三個運輸環節才能出口。僅一個集裝箱的運費就比深圳和東莞貴2000元港幣，虎門大橋修成后，依然貴1000元港幣左右。而且耗費時間較長，兜這樣一個圈需要六七個小時。 
　　而港珠澳大橋修通之后，香港驅車到珠海只需45分鐘，比繞道廣州虎門大橋要減少3個多小時。來自珠江西岸和西南省份的貨物可以不必經過深圳而直達香港，從而使深圳港口貨物吸納能力面臨影響，進而對深圳設想的“海鐵聯運”計劃產生沖擊。 
　　深圳 
　　拓展物流發展新空間 
　　為消解港珠澳大橋對深圳物流業的分流，深圳曾經積極努力希望能夠加入港珠澳大橋項目，即“雙Y”設計方案：一橋聯通四地，西接珠海與澳門，東接深圳與香港，通過該方案將深圳納入打通珠江東西的交通網絡之中。 
　　早在2004年，李鴻忠在任深圳市代市長時曾對港珠澳大橋建設方案作出回應，認為大橋假如經過深圳，深港兩地均可受惠。這種判斷源于對深港兩地物流業發展層次的區別認識，由于珠三角地區擁有不同層次的加工制造業，香港的集裝箱碼頭主要承擔管理、信息、財務等功能，將深圳納入連通粵西的通道中，可以為香港在物流業上提供中低層次加工業物流服務的補充。 
　　待大橋最終敲定“單Y”方案，不與深圳相連后，深圳學界已開始對其可能產生的影響產生擔憂。多位深圳學者指出，港珠澳大橋的興建，將大大削弱深圳港口的貨物吸納能力，作為深圳四大支柱產業之一的物流業會受到沖擊。 
　　為應對港珠澳大橋可能帶來的物流業新格局，深圳開始主動拓展物流業新的空間，一方面積極主導興建深中大橋，即深圳至中山的大橋，另一方面建設大型物流園區。根據《深圳市現代物流業“十一五”發展規劃》，從2006年開始到2010年，深圳將把1030億元投向物流業，用于包括前海、鹽田港、大鏟灣碼頭在內的七大物流園區建設，到2010年，使得物流業占全市GDP比重達到12%。 
　　尤其是被譽為“再造一個深圳港”的大鏟灣物流園區項目，計劃新增物流總操作能力180萬噸/年。大鏟灣碼頭將建設15個以上的集裝箱泊位，所有泊位建成后，預計可新增集裝箱吞吐能力700萬標準箱，最終設計能力將達到1000萬標準箱，相當于深圳港現有的吞吐能力。 
　　從最初寄望的“雙Y”方案，到深中大橋的提出和多個物流園的建設，深圳在積極應對自己在區域格局變化中遇到的新挑戰和新機遇。深港研究學者認為，深港雙方都清楚而客觀地認識到港珠澳大橋對各自物流業的重大意義，但這并不影響雙方在這種挑戰與競爭中尋找合作發展的良機。