當前，我國縣域經濟當前存在如下五個突出問題。
一是全國縣域經濟發展極不平衡。我國縣域經濟發展水平的區域分布特征與區域發展總體格局一致，即發達的縣主要分布在東部地區，落后的縣主要分布在中西部地區。2006年，全國地方財政收入預算收入超過5億元的縣共有204個，東部、中部、西部、東北地區分別有144、28、26和6個。其中，浙江36個、江蘇34個、山東34個，三省合計數占全國的51%；如再加上廣東（14個）、河南（14個）、福建（9個），則六省合計數占全國的70%；而西藏、青海、寧夏、湖北、安徽、黑龍江、海南1個都沒有。全國農民人均純收入6000元以上的縣共有118個，也主要分布在東部地區，其中江蘇24個、浙江37個、山東18個，三省合計個數占全國的67%。
二是縣域經濟的產業結構層次偏低，經濟發展基本要素供應不足。目前，全國縣域經濟的一產比重約25%，而2007年全國GDP中一產的比重已達11.7%。因此，縣域經濟整體上仍然沒有擺脫“農業大縣、工業小縣、財政窮縣”的基本特征。近年來，金融、土地、人才、技術等產業要素日益向城市特別是中心城市集聚，縣域經濟做大做強所需的要素支撐更顯不足，比如，在金融支持上，四大國有商業銀行從農村不同程度的退出，縣域范圍內資金多數呈現凈流出狀態；在用地供應上，很多省份的土地利用年度計劃分配到縣的指標不足總量的10%。
三是縣域經濟的發展方式有待轉變，工業化和城鎮化推進過程中存在諸多盲目性。很多縣級地方政府仍然片面地把發展工業化理解為上項目、建工廠、建開發區，把發展城鎮化理解為上廣場、建樓房、改戶口。由于縣鄉政府招商引資的愿望迫切，隨著近年來發達地區和中心城市產業結構的調整，一批低端制造業項目向縣域轉移，其中不少是能耗偏高、污染較重、單位土地投資強度偏低的項目，造成資源浪費、環境破壞和對“三農”利益的損害。
四是縣鄉財政困難問題仍然突出，縣級政府經濟調節和公共服務的能力不足。據有關資料顯示，目前全國平均每個縣的赤字約一個億，全國赤字縣占全國縣域的比重大約在3/4左右，赤字總量占這些地方財政總量的近80%。因財政硬缺口大，縣級財政基本上是“吃飯財政”，缺乏償債能力，縣鄉政府的債務風險仍未得到根本性控制。同時，縣級政府對縣域范圍內教育、衛生、文化、社會保障、救災救濟、計劃生育等各類公共服務都負有直接責任，縣級財政供養大量相關行政事業單位人員，而縣級的財權與事權明顯不匹配，責權利不對等。因此，除少量經濟強縣外，縣級政府動用各方面力量發展經濟、調控經濟的手段不強，自主加強公共服務的能力普遍較弱。
五是縣域經濟的體制束縛仍較嚴重，自我發展能力和活力有待增強。在行政管理體制方面，隨著地改市的推行，由市管縣帶來的體制性負面效應逐步顯現。一方面，因機構層級較多，行政成本增加，行政效率下降；另一方面，市級政府往往傾向于調配市域內資源來集中發展中心城市，由此造成了縣域經濟自身活力不強、財力不足、資源不夠。在農業生產方式上，現行的農村土地制度不適應現代化生產經營的問題正日益顯現，農用地流轉和適度規模經營仍受諸多制約，而“農地入股”試驗也存在著土地承包經營權的“償債”風險。在企業改革發展方面，雖然縣鄉國有集體企業的改制已取得重要進展，但企業的社會化服務體系普遍沒有建立起來，縣域民營企業、中小企業在融資、技術、人才、咨詢、物流服務等方面存在著較多障礙。