為全力支持兩岸“三通”，上海海關適時推出了專窗專人受理、24小時全天候作業、建立關企聯絡人制度、提供個性化服務、貼心查驗服務以及加大知識產權保護等六項措施以保“暢通”。
　　上海海關在航交所、洋山等業務現場開設了“對臺貨物報關專窗”，承諾優先受理、專人辦理，為兩岸航運貨物通關打造無障礙“綠色通道”。為了讓直航貨物享受“隨到隨報”的待遇，海關對相關貨物的進出口申報、查驗、轉關實施了“5+2天”工作制，并對出口貨物放行、國際中轉、進出境船舶申報實行“7×24”小時全天候作業。
　　為了實現“直航旅客通得暢”的目標，上海海關安排業務骨干值守機場旅檢通道，提供快速驗放服務。為了讓“直航貨物走得快”，上海海關建立起關企聯絡人制度，指派專人經常走訪經營兩岸航運業務的相關公司，做好提前介入、提供政策咨詢和跟蹤服務工作。同時，上海海關還依托通關投訴咨詢總臺這一載體，根據企業需要，在進出口貨物申報前面向誠信守法企業提供預歸類、預審價和原產地管理咨詢服務工作。
　　即使遇到貨物查驗也不必過分擔憂，因為上海海關推出了一套“貼心”查驗服務，包括優先安排查驗，在查驗方式方面優先選擇非侵入式等。對于不便在海關現場查驗的進出口貨物，海關查驗人員還會根據企業預約，上門實施“門對門”查驗。