作為條形碼技術的替代者，RFID標簽是一項全新的技術，有著廣闊的市場前景，但由于技術的不成熟，以及諸多因素的制約，普及與推廣需要假以時日。目前，在包括藥品行業在內的應用領域全面推廣RFID單品識別技術之前還需要克服以下困難和障礙: 

標準未統一 
標準（特別是關于數據格式定義的標準）的不統一是制約RFID發展的首要因素。因為每個RFID標簽中都有一個惟一的識別碼，如果它的數據格式有很多種且互不兼容，那么使用不同標準的RFID產品就不能通用，這對經濟全球化下的物品流通是十分不利的。而數據格式的標準這個問題涉及到各個國家自身的利益和安全。目前的現狀是日本和美國的兩大標準組織互不兼容的對抗局面，而中國也開始制定自己的RFID標準，預計其他的許多國家也會陸續開始制定自己的標準。 
如何讓這些標準相互兼容，讓一個RFID產品能順利地在世界范圍中流通，是當前重要而急切需要解決的問題。 
關于標準的另一個問題是，目前還沒有正式的關于RFID產品（包括各個頻段）的國際標準，目前各個廠家推出RFID產品互不兼容，造成了RFID產品在不同市場和應用上的混亂和不兼容。這勢必對未來的RFID產品互通和發展形成了障礙。目前中國電子標簽國家標準工作組正在考慮制定中國的RFID標準，包括RFID技術本身的標準，如芯片、天線、頻率等方面，以及RFID的各種應用標準，RFID在物流、身份識別、交通收費等各領域的應用標準。 

技術不成熟 
RFID是一項正在興起的技術，不少用戶認為該技術將完全替代條形碼。但是，如何將這項昂貴的、嶄露頭角的專有技術轉化為有利的供應鏈工具是目前最大的挑戰。 
RFID庫存跟蹤系統是一個供應鏈群體的項目。為使這項技術能夠順利運用，一個公司的整體供應鏈必須全部參與。目前國內很多廠商都將注意力放在RFID芯片技術上，而對RFID的后端應用軟件以及對電子標簽在流通中的管理關注還比較少。對于使用RFID技術的企業而言，如何有效處理應用RFID技術帶來的巨大數據來降低成本，提高生產效率是至關緊要的問題。因為企業還需要一個數據管理平臺，它包括后端數據庫，應用程序以及正確的分析能力來處理由RFID系統生成的大量數據。否則，企業可能會被大量的數據淹沒而得不到RFID技術帶來的好處。 
目前，國外許多大應用系統開發商如Sun、SAP、Oracle、IBM等公司已經看到這個問題或商機，紛紛開始在其產品中集成RFID技術以滿足未來這方面的巨大需求。 
涉及到醫藥領域，這個領域對頻率和性能有獨特的要求，因而在以下問題上還存在不一致的觀點:在藥品供應鏈中存在選擇同頻還是異頻的不同意見;是在托盤和貨箱上使用超高頻RFID技術還是在藥品單品上使用UHF的爭論。在性能上，讀取范圍、準確率、工作模式、讀取器與標簽間的通信、系統的協同工作能力、RF干擾、讀寫器和天線陣列的配置和選址等等是否需要進行適應性改動也存在不定性。 

成本問題 
標準和技術本身是影響RFID應用普及的兩個重要方面，但隨著各個相關組織與企業的協調，標準的解決并不是一件難事，技術也會越來越成熟。不過，RFID的價值或投資回報依然是政府、企業CIO躊躇不前的關鍵。 
RFID的成本問題包括標簽價格和系統基礎設施建設成本兩個方面: 
·標簽價格 
目前，每個傳統條形碼的價格約為0.25美分，而一個RFID標簽的價格大約是30～40美分，是條形碼價格的100多倍，巨大的成本差距嚴重地阻礙了RFID技術的普及。 
為了降低RFID標簽的價格，使供應商接受RFID技術，實現RFID的普及應用，飛利浦和德州儀器聯手推進Gen2 RFID的研發。Gen2技術可以大幅提升標簽的性能，并降低標簽價格70%以上，使標簽低于10美分變成了現實。與此同時，意法半導體公司，通過降低晶片打磨、切割及天線封裝與測試成本，簡化芯片架構，縮減用戶閑置功能，改進的天線嵌入基材更小的封裝，推出價格低廉的下一代UHF芯片，實現5 美分標簽的目標。 
據業內人士預計，當全球的RFID標簽需求量超過50億片后，成本將會隨著規模的擴大進一步地降低到2美分左右。未來10年里，RFID標簽將逐步替代現有條形碼。 
·系統基礎設施建設成本 
一般而言，企業的信息化有四個階段。第一階段主要是網絡基礎設施的搭建;第二階段是企業內部信息化，如MRP、ERP的實施;第三階段是擴展到企業外部供應鏈管理，實現供應鏈上的企業間B2B交易;第四階段是構建全球協同電子商務數據平臺。目前我國企業大部分還都處在第二個階段的水平，而RFID發揮其最大投資回報，則需要企業對產品的信息由閉環應用延伸到開環應用，RFID將在第三階段信息化進程中扮演重要角色，并為第四階段平臺構建出標準化的自動識別基礎設施環境。 
在零售、物流等行業，有實力的大型企業在部署RFID上積極性比較高，比如沃爾瑪年銷售額接近3000億美元，寶潔為500多億美元，按物流費用以占銷售收入的平均水平1 /10計算，每年有幾十億至幾百億美元的規模，所以像沃爾瑪花30億美元的投入來部署RFID以升級其供應鏈是可以理解的。對于醫藥、醫療行業，專家認為，以下這些因素使RFID的應用潛力巨大: 
◇高價值產品使得更容易對投資進行評價; 
◇消費數量巨大，易于產生規模經濟效應; 
◇符合性驅動形成一種技術的緊迫性，推動技術的應用; 
◇與其它高價值、高數量、符合性驅動行業緊密相連，更容易達成標準化和采用現成技術。 
顯然，這意味著，醫藥行業應用RFID的成本阻力將會小許多。 

隱私與安全 
RFID的大規模應用還涉及到隱私保護以及安全問題。目前的RFID技術要想在對信息有保密要求的領域展開應用還存在著障礙，如何在不增加太多成本的同時提高電子標簽的安全性還是一個有待進一步研究的問題。 
RFID系統中的隱私侵害使終端用戶對安全憂心忡忡。在美國FDA通過了在人體內植入芯片的決議后這個問題似乎更加敏感。生產商們將不得不忙于拿出解決辦法來，因為同樣的問題會阻礙他們早日應用這項技術。 
最近，RFID卡在私人領域的應用就在美過遭到禁止。事情的起因是，加州薩特的一所小學要求該校的學生佩戴帶有RFID輔助信息的校徽，該校的學生家長請求學樣取消這項要求。該校接受了學生家長的請求，但是此次爭論引起了加州上院議員對這一問題的關注。由此，美國加州上院通過了一項議案，將把RFID技術在駕駛執照和學校ID卡中的應用延期三年實施。 
該議案將禁止加州機動車當局發放采用RFID來傳輸個人信息的駕駛執照;同時還將禁止公立學校、公立學區和國家教育機構采用RFID來跟蹤、監視和記錄學生的校園活動。這項提案只是解決有關使用RFID和隱私問題的大量一攬子提案中的一個部分。 
該議案在一份預先準備的聲明中表示，“RFID技術本身并不是問題，RFID是一個小小的奇跡，有各種各樣不錯的應用。問題是政府是否應該，以及在什么情況下，強迫它的居民（成年人或孩子）接受這種會把他們的大多數個人信息泄露出去的技術。” 
另外，該議案認為，隱私是加州憲法規定的一項無可爭議的權利，為此，政府就有責任對它進行保護。所以，要禁止任何人要求、強制或迫使其它任何人接受身份識別器件的植入，除非是自愿行為。 
我國正在通過建立和完善國家藥品編碼系統并對其進行統一規范來逐步加強對藥品的監管。藥品條碼在藥品編碼的基礎上實行一物一碼。國家藥品監督局成立了國家編碼小組、編碼辦公室以及專家委員會。國家藥品編碼辦公室首先完成了編碼的定義、原則、范圍、編制規則、藥品的分類，同時又制定了各項標準。 
首先是藥品代碼，其定義是"識別每一藥品身份的唯一標識，是國務院食品藥品監督管理部門用于管理藥品生產、流通、使用全過程的代碼。"即對每個藥品發放一張身份證。 
其次是藥品代碼擴展碼，根據GMP、GSP對生產和流通強制性的管理要求，對藥品的生產日期、有效期、批準文號等等都做了規范。 
再次是藥品分類代碼（藥品基礎碼），其主要體現的是藥品屬性，是依據藥學、醫學的專業性質與規則，制定科學、規范、統一的藥品分類標準，來滿足醫藥管理、生產、流通、使用、科研等方面的分類、查詢、檢索、統計、分析等方面的需求。 
最后就是藥品防偽碼，它綜合運用密碼學原理和計算機技術使最小包裝的銷售藥品都能實施防偽。藥品的代碼、擴展碼、分類代碼和防偽碼這四種編碼共同使用，即"四碼合一"。它們相輔相成，形成了國家藥品編碼系統。