2006年，深圳港集裝箱吞吐量達1847萬標箱，同比增長14％，穩居全球第四；深圳機場旅游運輸量居國內第四位，行郵貨物吞吐量進入世界機場貨運50強。2006年深圳市物流業實現增加值543.43億元，比2005年增長了77.84億元，物流業增加值占GDP的比重為9.56％，比2005年上升了0.11個百分點。
　　深圳物流園區、物流企業、運輸＼配送中心等繼續得到快速發展，物流基礎設施建設進展迅速。物流業對深圳市經濟增長的拉動作用繼續增強，在全市經濟發展中的支柱產業地位基本得到鞏固，成為目前深圳市第二大支柱產業。
　　港口繼續保持世界第四2006年，受益于我國對外貿易的不斷發展，珠三角地區經濟快速增長，深圳港的發展取得了驕人的業績，連續4年穩居世界第4大集裝箱港口，在最新的中國港口綜合競爭力指數排行榜上，被譽為“最具效益競爭力的港口”，深圳港在單箱成本、單吊成本、單箱收費、效率和利潤等方面均具核心競爭力。
　　2006年，深圳港總體貨量穩步增長，集裝箱吞吐量完成1846.89萬標箱，增長14％，貨物吞吐量達17584.02萬噸，增長14.56％，其中外貿貨物吞吐量12685.88萬噸，增長19.25％；進出港船舶26.11萬艘次，增長3.05％。其中，三大專業集裝箱碼頭吞吐量分別為：鹽田國際集裝箱碼頭829.6萬標準箱，增長12.8％；蛇口集裝箱碼頭236.2萬標準箱，下降3.1％；赤灣集裝箱碼頭354.8萬標準箱，增長13％。三大專業集裝箱碼頭吞吐量達1420.6萬標準箱，占全港集裝箱吞吐量的76.9％，繼續居于深圳港集裝箱運輸主導地位。東西部港口集裝箱市場份額分別為48％和52％。全港出口重箱、進口重箱的比例分別為77.62％和22.38％。
　　鹽田港三期擴建、蛇口港三期等項目的建設和新泊位陸續投入使用，港口軟硬件設施日益完善，疏港能力明顯改善，極大地改善了港口基礎設施，全港貨量增長需求、港口能力需求與泊位緊張、疏港能力不足的矛盾得到緩解。
　　隨著深圳港集裝箱碼頭裝卸能力和操作效率的不斷提高，2006年以來，包括馬士基、東方海外等世界航運巨頭在內的各大船公司爭相在深圳港開辟新航線，并紛紛投入新船掛靠。據統計，至2006年底，共有50家世界著名船公司在深圳港開辟近遠洋國際集裝箱班輪航線168條，比2005年底凈增14條，以深圳港為樞紐、覆蓋世界十二大航區主要港口的國際集裝箱班輪航線結構進一步得到完善和優化。深圳港作為我國綜合運輸體系中的主樞紐港和華南地區集裝箱樞紐港的地位基本形成。
　　機場成為華南樞紐中心2006年，深圳市成立空港委、空港辦專門機構，出臺相關政策，營造航空業健康發展的良好環境，使深圳機場在激烈的競爭中脫穎而出，創新發展，開拓進取，在機場旅客吞吐量、貨郵吞吐量等方面繼續保持高位平穩運行態勢。
　　據統計，2006年深圳機場旅客吞吐量累計1835.61萬人次，月均近153萬人次，并于3月份創出了161.2萬人次的單月歷史新高，增長12.73％；機場貨郵吞吐量累計55.96萬噸，累計同比增長19.96％；旅客和貨郵吞吐量全年均以兩位數增幅報收。
　　2006年仍保持快速發展，主要由于深圳的國際化色彩和區域化程度不斷加深，經濟總量不斷增大，深圳與國際、國內地區的經濟往來頻繁，大量的客流為航空業發展提供了客觀需求，為發展國際航空貨運提供了充足的市場需求。各個物流企業和航空公司克服種種困難，增加運力、新開航線、加開航班，比如翡翠航空公司、東海航空公司分別于8、9月份使用全貨機開航，在一定程度上助推了機場貨郵的增長。
　　為落實“兩港齊飛”戰略、加快現代物流業發展，進一步增強深圳作為區域國際物流樞紐城市的建設，深圳市通過了《深圳機場近期總平面布局調整規劃》。目前，深圳機場擴建工程正按計劃穩步推進，其中，飛行區陸域形成工程已進入大規模施工階段，隨著機場二跑道的興建，深圳機場正被打造成南中國地區客貨運樞紐機場和門戶機場。
　　同時，為進一步扶持航空產業發展，市政府制訂了《深圳寶安國際機場新開貨運航線財政資助資金管理辦法》，對貨運航線承運人給予一定資助，鼓勵航空承運人增開貨運航線，促進深圳現代物流業進一步發展。
　　國際保稅物流蓬勃發展國際物流是深圳物流的核心和龍頭，是深圳現代物流業發展的標志，也是促進深圳經濟持續快速發展的基礎。隨著“兩港戰略”的實施，深圳已初步形成了以“國際物流為重點、區域物流為基礎”的現代物流產業特點。深圳的物流企業發展迅速，如騰邦國際物流的客戶95％都是國際客戶，長禾集團將業務做到了日本，全程物流則拿下了世界500強殼牌的南海石油物流項目。“開展國際物流也成為深圳物流企業一個鮮明的特征�！边M入“十一五”，深圳積極圍繞構建和諧保稅區、效益保稅區目標，以提高綜合實力和競爭力為總任務，積極推進“區港聯動”試點，構建順暢、高效的海關監管模式，提高國際物流的服務質量和服務效率，加大招商引資力度，推動了保稅物流持續、健康、快速發展。
　　2006年，在深圳海關和其他有關機構和部門的大力支持下，深圳保稅物流發展躍上了一個新的臺階。區港聯動正式啟動，首批企業已經進駐并開展運營。借助區港聯動，保稅區、出口加工區和監管倉等獲得了一個新的快速發展時期。截止2006年底，深圳有三個保稅區、一個出口加工區，監管倉和保稅倉的面積超過200萬平方米。2006年，深圳保稅區主要經濟指標仍保持穩定增長態勢，預計全年實現增加值200億元，同比增長22％；實現工業總產值1000億元，同比增長22％；實現進出口總額388億美元，同比增長27％。凸顯深圳保稅物流在深圳現代物流業中的龍頭地位。