一九九七年的七月一日，香港回歸祖國，原“九龍海關(guān)”隨即更名“深圳海關(guān)”。十年之中，啟用新關(guān)名的深圳海關(guān)，目睹了深圳河兩岸香港、深圳兩個城市間不斷加強(qiáng)的合作，車流人流物流和兩地年貿(mào)易額成倍的增長，也通過優(yōu)化通關(guān)措施頻出，助推著深港經(jīng)貿(mào)的快速發(fā)展。 
　　深圳海關(guān)關(guān)長鄒志武表示，隨著香港的回歸、中國加入WTO以及CEPA的實施，深港區(qū)域經(jīng)濟(jì)的發(fā)展對深圳口岸的通關(guān)環(huán)境提出了新的更高的要求。為此，深圳海關(guān)大膽創(chuàng)新監(jiān)管模式，進(jìn)行通關(guān)作業(yè)改革，推進(jìn)通關(guān)便利化。 
　　早在一九九四年深圳海關(guān)就在皇崗口岸啟動了貨運渠道二十四小時通關(guān)。二00三年一月，皇崗口岸旅檢通道開始實行二十四小時通關(guān)。至此，皇崗口岸成為全國唯一貨運、旅檢二十四小時通關(guān)的陸路口岸，深港兩地由此實現(xiàn)了全方位的“無縫隙”通關(guān)，兩地物流人流更加便利，通關(guān)旅客及進(jìn)出境不斷攀升。在前不久香港的一次民意調(diào)查中，二十四小時通關(guān)成為香港回歸以來的重大事件，得到了香港民眾的廣泛認(rèn)同。 
　　目前，深圳海關(guān)在皇崗、文錦渡、沙頭角三個公路口岸，全面實施通道自動核放系統(tǒng)，把原來車輛通過海關(guān)通道需時二分鐘縮短為五秒鐘，驗放速度提高了近二十倍，一舉解決了公路口岸通道堵塞的問題。 
　　香港回歸后，深圳海關(guān)與香港海關(guān)開展了多方面的跨境快速通關(guān)合作，兩地貨物通關(guān)效率得到迅速提高。特別是CEPA實施以來，運輸渠道便捷使深圳口岸成為零關(guān)稅貨物內(nèi)地主要轉(zhuǎn)關(guān)進(jìn)口地。 
　　深港兩地海關(guān)通過多次溝通，大膽開展跨境物流通關(guān)改革，先后建立起跨境空港物流快線和深港物流綠色通道，實現(xiàn)深港兩地機(jī)場空運貨物通關(guān)及香港貨運碼頭到深圳華南國際物流中心的無縫連接，促進(jìn)了深港兩地乃至珠三角地區(qū)物流經(jīng)濟(jì)發(fā)展，為建立粵港跨境快速通關(guān)模式提供了成功的范例。同時，兩地海關(guān)積極落實行政互助，在公路口岸全面啟用統(tǒng)一版《內(nèi)地／香港陸路進(jìn)出境載貨清單》、使用綠色關(guān)鎖進(jìn)行查驗結(jié)果互認(rèn)等措施，有效地推動了香港與內(nèi)地間的貿(mào)易便利化。 
　　深港海關(guān)的跨境合作為推動了兩地人流物流的大幅增長。統(tǒng)計顯示，香港回歸十周年來，深圳口岸進(jìn)出口貨物總值由一九九七年的五百億美元躍升至二00六二千九百多億美元，；日均監(jiān)管出入境人員由當(dāng)年的二十一萬人次增至現(xiàn)在的四十七萬人次；深圳關(guān)區(qū)加工貿(mào)易進(jìn)出口總值由當(dāng)年的二百九十七億美元，增至二00六年的以前八百多億美元。