物流信息系統是把各種物流活動與某個一體化的過程聯結在一起的通道，第三方物流一體化過程建立在4個層次上：基礎信息、管理控制、決策分析、以及制定戰略計劃系統。 

基礎信息系統是指物流信息系統接受客戶指令或接受交易指令的系統，對第三方物流公司，其基礎信息系統需要與客戶的信息系統集成，并與客戶共享物流信息，獲得物流運作的基礎信息。這一系統是第三方物流信息系統啟動物流活動的最基本的層次，他從客戶系統獲取訂貨內容、安排存貨任務、選擇作業程序、裝貨、搬運、開票、及訂單查詢與處理等。 

　　其處理過程是： 

　　（1） 先接受客戶訂單信息進入信息系統； 

　　（2） 按訂單安排存貨或安排采購； 

　　（3） 選擇作業程序； 

　　（4） 指揮搬運、分揀、裝貨、及按訂單交貨； 

　　（5） 打印傳并送票據； 

　　基礎信息系統特征是：格式規格化、通信交互化、交易批量化、作業逐日化、信息標準化。基礎信息要方便與客戶的信息系統集成和通信，又要有較強的安全保密措施。。 

　　第二個層次管理控制系統，要求把主要精力集中在功能衡量報告上。功能衡量對于提高物流服務水平和資源利用等管理信息反饋來說是必要的。因此，管理控制以可估價的、策略的、中期的焦點問題為特征，他涉及評價過去的功能和鑒別各種可選擇方案。 

　　普通的功能衡量包括財務成本分析、顧客服務評價、作業衡量、質量指標等。功能衡量對第三方物流服務是非常重要的，一般客戶都希望通過第三方物流服務，能對物流系統作綜合性分析，提供更多的物流信息與客戶共享，客戶可以利用這些信息與自身的信息系統集成，為企業決策提供市場及物流信息。 

　　第三方物流系統是否能夠在物流系統運作中隨時鑒別出異常情況也是很重要的。有超前活力的物流系統還應該有能力根據預測的需求與預期的入庫數預測未來存貨短缺情況。 

　　某些管理控制的衡量方法，諸如成本、有非常明確的的定義，有些衡量方法，諸如顧客服務則缺乏明確的定義，需要采用一些分析方法建立評價指標。 

　　第三個層次為決策分析，這一層次的信息系統把主要精力集中在決策應用上，以協助管理人員鑒別、評估、和比較物流戰略或策略上的可選方案。典型分析包括車輛日常工作計劃、存貨管理、設施選址、以及作業比較和成本效益評價。對于決策分析，物流信息系統必須包括數據維護、建模和分析。與管理控制不同的是決策分析的主要精力集中在評估未來策略的可選方案，因此需要相對的零散模塊和靈活性，以便于在較廣的范圍內選擇。 

　　最后一個層次是制定戰略計劃，主要精力集中在信息支持上，一期開發和提煉物流戰略，這也是決策分析的延伸。物流信息系統制定戰略層次，必須把較低層次數據結合進范圍很廣的交易計劃中，便于評估各種戰略的概率和損益的決策模型。