雙方議定，海關緝私部門在受理走私野生動物案件時，第一時間通知滿洲里檢驗檢疫局進行檢疫消毒衛生處理，案件辦結后，由兩部門共同對涉案貨物、物品進行銷毀處理。
滿洲里關檢合作由來已久，在加強打擊走私和防止逃漏檢方面合作密切，在此過程中，滿洲里海關開全國海關之先河，做出諸多關鍵性的嘗試，收效顯著。一方面，在中俄公路口岸實現了與滿洲里國家出入境檢驗檢疫局X光機檢測圖像的“一機雙屏”。 此項措施有效改變了檢驗檢疫部門對旅檢渠道行李物品實行隨機抽查、人工翻包查驗的落后監管模式，降低了檢疫檢驗部門勞動強度，提高了監管效率。另一方面，在中蒙阿日哈沙特口岸，與國家出入境檢驗檢疫局實行“一衡兩用”，兩部門共同利用海關電子地秤系統，實現了口岸監管資源、通關信息共享。該項措施解決了國家出入境檢驗檢疫局對車輛重復檢斤造成的企業費用增加，口岸車輛積壓、阻塞等問題。
除此之外，滿洲里海關還將廣泛合作的理念擴大到多個領域，除積極建立與出入境檢驗檢疫機構的合作機制外，該關還積極探索與邊防檢查、口岸辦等部門之間有效的合作方式，完善合作機制、擴大合作內容、落實組織保證，以提高通關效率為出發點，不斷優化口岸和地方經濟發展環境。
