物流在日本大約始于20世紀六七十年代，其主要的運作流程與運作模式始于豐田汽車制造公司為進一步提高管理效益，降低生產成本開始的。豐田公司開始從倉庫管理著手進行改革，把倉庫從各自所屬的生產廠家中脫離出來，成立專門的倉儲中心，集中存放并管理各生產廠家的零部件，直接供應總安裝車間。這一管理方法，當時為豐田公司所專有。不久后，這一管理模式迅速在日本全國得到推廣。倉庫管理的變革，大大地促進了運輸業的發展，從而在日本就有了專門從事倉儲管理和貨物運輸的物流企業。
物流企業的生產流程，主要有兩個方面：一是圍繞顧客訂貨而進行的管理內容，二是圍繞生產廠家的管理內容。因此，物流企業是連接生產廠家和顧客的中介，生產廠家既可以直接從顧客中獲取需求信息，更可以從物流企業中獲取更為綜合的信息。物流企業的收入主要是租用倉庫而收取的保管費、裝卸費和提供運輸的費用。
在日本，保管費一般為3期／月制，即分1日——10日、11日——20日、21日——月末三期計費。從一期當中的任何一日入庫為開始期，一期當中的任何一日出庫為結束期。如從5日入庫到29日出庫應計三期費用。 這樣的計算方式對物流企業來說是非常有利的。目前，一些生產企業也提出要求修改計費方式，按實際天數計費。
日本物流業的管理實行許可制。要求經營的企業提出申請，由日本的運輸省負責審批，運輸省駐當地的派出機構負責管理。
在日本，一般的物流企業在東京、名古屋、大阪、神戶等大城市或周邊地區建有分中心，以達到快速轉運、分運的目的。
電子商務離不開物流配送，而物流必須依托電子商務。在日本，已經有全國通用的商務網絡。在物流企業里，除了有和顧客、生產商相連接的電子網絡，還有和海關報關、稅務、檢驗等部門相連接的電子網絡。只有這樣，才能實現消費者、生產者之間需求信息快速有效的流動。
