近年來，該河段的中央沙、新瀏河沙及新瀏河沙包沙頭三處持續沖刷后退，造成寶山北水道航道軸線偏轉、航道有效寬度縮窄，寶山南水道10米深槽時有中斷。在長江南京以下成功開通10.5米通航水深時，寶山北水道寬400米。然而因自然成因，2006年該水道最窄時僅200多米，達不到雙向航道要求的350米，寶鋼、羅涇等大型碼頭前沿水深也因此受到一定影響。
據悉，工程治理方案是在南北港分汊口河段瓶頸處施行治理，采取在新瀏河修建護沙堤、南沙頭通道修建潛堤來穩定和改善現有河勢，防止其進一步惡化。“十一五”期間，交通部提出與長江口深水航道治理三期工程同步，將12.5米深水航道延伸至江蘇太倉港區，而實施新瀏河沙護灘和南沙頭通道潛堤工程是保障這一目標實現的重中之重。
