2006年園區進出口貨量大幅上升，完成貨郵吞吐總量為55.9萬噸，累計同比增長19.9%。
　　其中國際貨物吞吐量為8.0萬噸（不含港澳航線貨物），累計同比增長101.5%，國內貨郵吞吐量為47.98萬噸（其中港澳航線貨物1.97萬噸），累計同比增長12.4%。據園區負責人介紹，去年以來，機場物流園開發了11項新業務、推出了國際出港貨物中性運單（HouseAirwayBill）報關業務、實施了進出口貨物提前報關、實現了關務“一站式”辦理、完善了園區公共服務平臺功能、完成了空港信息平臺系統（簡稱CISS系統）改造升級工作、啟用了CISS系統主控的集中電子磅秤系統、實現了CISS系統與國際貨站HERMES系統等。目前，深圳航空物流園可開展的通關業務類型已達15種，是有關物流園的3－4倍。