規劃提出，積極推動閩臺物流行業協會和企業交流合作，拓寬對臺貿易通道，提高閩臺物流業合作水平。吸引和承接臺灣知名物流企業在閩落地，利用其資金、先進的物流應用技術和經營管理經驗，做大做強福建物流企業。
規劃中還提出，擴大對臺出口和對臺小額貿易，繼續務實地做好與金門、馬祖和澎湖地區的直接往來工作。把沿海主要批發市場建成兩岸商品雙向流通的集散地，發揮其輻射功能。在臺商產業聚集區加強物流服務系統建設。結合福州保稅區建設、廈門“區港聯動”試點、“海峽兩岸（福建）農業合作試驗區”建設，重點建設好海峽兩岸農產品交易平臺和對臺專業物流中心建設，推動閩臺物流業對接。
近年來，閩臺物流業合作取得了長足的進展。2006年，閩臺貿易額達56.07億美元，同比增長14.9%，其中自臺灣進口46.57億美元，同比增長13.8%。
