為了解決物流企業稅收政策方面存在的突出問題，國家有關部門相繼采取了一系列政策措施。2003年，全國政協組織了對物流業的專項調研，在寫給國務院的報告中，就反映了有關稅收的問題。這個報告在2003年12月得到總理和幾位副總理的批示。2004年8月，國家發改委等九部門據此出臺了《印發關于促進我國現代物流業發展的意見的通知》（發改運行[2004]1617號），其中特別強調：完善物流企業稅收管理。明確指出：
一、合理確定物流企業營業稅計征基數。物流企業將承攬的運輸、倉儲等業務分包給其他單位并由其統一收取價款的，應以該企業取得的全部收入減去其他項目支出后的余額，為營業稅的計稅的基數。具體辦法由國家稅務總局制定。
二、允許符合條件的物流企業統一繳納所得稅。物流企業在省、自治區、直轄市范圍內設立的跨區域分支機構，凡在總部領導下統一經營、統一核算，不設銀行結算賬戶、不編制財務報表和賬簿的，并與總部微機聯網、實行統一規范管理的企業，其企業所得稅由總部統一繳納。
根據上述精神，國家稅務總局于2005年12月29日，以國稅發[2005]208號文發布《關于試點物流企業有關稅收政策問題的通知》。從2006年1月1日起，對國家發改委和稅務總局聯合確認的37家試點物流企業，進行有關物流企業營業稅差額納稅的試點工作。
2006年3月18日，國家稅務總局以國稅函[2006]270號文，發出《關于物流企業繳納企業所得稅問題的通知》。明確提出，物流企業在同一省、自治區、直轄市范圍內設立的跨區域機構(包括場所、網點)，凡在總部統一領導下統一經營、統一核算，不設銀行結算賬戶、不編制財務報表和賬簿，并與總部微機聯網、實行統一規范管理的企業，其企業所得稅由總部統一繳納，跨區域機構不就地繳納企業所得稅。
這兩份文件的出臺，可以說從國家政策層面基本上解決了物流企業在稅收方面遇到的突出問題，是國家有關部門支持我國現代物流業發展的重要舉措，受到了業界普遍歡迎。但是，物流業是新興的產業，涉及面非常廣，再加上各地情況千差萬別，對國家政策的理解和執行也不盡一致，在一些政策的執行過程中，就存在著這樣或那樣的問題，需要在實踐中研究解決。就我本人的調查了解，大致有這樣幾個問題：
第一，關于物流企業的認定問題。這是地方稅務部門提出的普遍問題，也是執行物流企業稅收政策首先遇到的問題。雖然，我們已經有了《物流企業分類評估指標國家標準》，但這個標準的認定和執行還需要時間。我個人理解，就目前情況看，還應該以九部門文件為依據。這就是：本文所稱物流企業是指具備或租用必要的運輸工具和倉儲設施，至少具有從事運輸(或運輸代理)和倉儲兩種以上經營范圍，能夠提供運輸、代理、倉儲、裝卸、加工、整理、配送等一體化服務，并具有與自身業務相適應的信息管理系統，經工商行政管理部門登記注冊，實行獨立核算、自負盈虧、獨立承擔民事責任的經濟組織。
第二，關于試點企業所屬企業的問題。雖然在國稅發[2005]208號文中有這樣的表述：“對國家發改委和國家稅務總局聯合確認納入試點名單的物流企業及所屬企業（以下簡稱試點企業）的有關稅收政策問題通知如下。”但在具體執行中，還是有一些試點企業的所屬企業不能夠享受試點政策。這里邊需要明確什么是所屬企業，是全資子公司，還是絕對控股或相對控股的企業。
第三，關于自開票納稅人資格認定的問題。自開票納稅人有自有車輛數量的規定，這樣不利于整合社會資源。特別是一些集團型物流企業，就集團本身來講有足夠的車輛，但具體到某一家下屬公司，因為沒有運輸車輛而不能取得自開票納稅人資格，也就享受不到營業稅差額納稅的政策。
第四，關于非試點物流企業的問題。國稅發[2005]208號文發出后，個別地方作了片面理解，指出，“凡不屬于國稅發[2005]208號文件規定的試點物流企業名單范圍內的物流企業開具的貨物運輸發票，一律不予計算抵扣進項稅額。”其實，早在208號文出臺前，國家稅務總局國稅發[2004]88號《關于貨物運輸業若干稅收問題的通知》就允許，不論物流企業還是運輸企業，開具的貨物運輸發票，都可以計算抵扣進項稅額。208號文是88號文的延伸，并沒有否定88號文，因此，非試點物流企業還應該執行88號文的規定。
第五，關于第二批試點企業的申報問題。第一批試點企業開始試點后，許多物流企業紛紛要求納入第二批試點。在今年5月全國現代物流工作部際聯席會議第二次會議上，就把開展第二批物流企業試點工作列入今年的工作計劃。聯合會作為行業中介組織在提出第一批試點企業名單的基礎上，早在部際聯席會議召開之前就積極搜集有關資料，現已向部際聯席會議推薦了第二批試點物流企業的名單和基本情況。我們認為，第一批試點工作從總體上來說是成功的，應該盡快擴大試點。
第六，關于整合個體戶車輛的發票抵扣問題。有試點企業反映，他們在實際操作中由于整合利用了個體戶的車輛，沒有原始發票可以抵扣，還是不能享受試點政策。類似這樣的問題，也應該尋求一個解決的辦法。
第七，關于倉儲業發票稅率偏高和不能抵扣增值稅的問題。倉儲及其他物流服務業不僅稅率高于運輸業，而且還不能抵扣進項稅額。這樣不利于一體化物流業務的開展，也給管理上帶來了一定的困難。
第八，關于倉庫租金能否抵扣的問題。208號文有這樣的規定：“試點企業將承攬的倉儲業務分給其他單位并由其統一收取價款的，應以該企業取得的全部收入減去付給其他倉儲合作方的倉儲費后的余額為營業額計算征收營業稅。”有試點企業提出，他們取得的倉儲業務收入約60%左右要支付倉庫的租金，這一塊應該如何抵扣？
第九，關于所得稅屬地繳納的問題。雖然，國家稅總已經發出國稅函[2006]270號文，也就是說，符合條件的物流企業可以統一繳納所得稅。但由于體制的限制，許多企業還不能夠享受這項政策。甚至每開一個分支機構，當地都會要求重新登記注冊，把稅務關系留在當地。這樣很不利于網絡型物流企業的發展。
第十，關于減輕稅負和涵養稅源的關系。由于各地情況不同，物流企業實際稅負有比較大的差異。我們不僅要關注名義稅率，更要努力做到物流企業的實際稅負大體平衡。從總體上來看，解決物流企業重復納稅的問題，減輕物流企業的稅務負擔，不僅有利于物流企業的發展，有利于社會資源的整合，也有利于從整體上均衡稅負，擴大稅基，涵養稅源。國家稅務機關支持物流企業的發展，物流企業也要遵紀守法、照章納稅。
總之，物流業是一個新興的服務產業，也是一個微利行業。因此，稅收問題對物流行業的影響比較明顯，如果稅收問題解決得好，就會有力地促進這個產業的發展。物流產業發展了，受惠的不僅僅是物流企業。
作者系中國物流與采購聯合會研究室主任 賀登才
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